GeneInterpolate not accepting border_predictions
まだ誰も着手していません。
評価
調査の方向性
まず pipeline/full_pipeline.py の240～253行目付近と pipeline/interpolate_gene.py の186行目を確認し、その後、Singularity 環境内で利用可能な atlas-interpolator のバージョンを調べます。依存関係とコンストラクターの不一致を確認し、full_pipeline.py が予期しない border_predictions 引数エラーなしで実行されれば、issue は完了したものとします。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I am getting this traceback when running full_pipeline.py
Traceback (most recent call last):
File "/gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj148/atlas/Deep-Atlas/pipeline/full_pipeline.py", line 253, in <module>
sys.exit(main(**kwargs))
File "/gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj148/atlas/Deep-Atlas/pipeline/full_pipeline.py", line 240, in main
output_dir=interpolation_results_dir,
File "/gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj148/atlas/Deep-Atlas/pipeline/interpolate_gene.py", line 186, in main
gene_dataset, interpolator_model, border_predictions=False
TypeError: __init__() got an unexpected keyword argument 'border_predictions'
I have the latest version of atlas-interpolator installed, but I guess it's using a version it installed inside the singularity environment? (I have no Idea how this works). If so, then the issue must be that that is out of date.
- 主要言語
- Python
- スター
- 4
- フォーク
- 2
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
BlueBrain/Deep-Atlas のほかの issue
-
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100
BlueBrain/Deep-Atlas#76 · コメント 1 件 ·
-
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
BlueBrain/Deep-Atlas#68 ·
-
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100
BlueBrain/Deep-Atlas#67 · コメント 1 件 ·
-
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100
BlueBrain/Deep-Atlas#66 ·
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100
BlueBrain/Deep-Atlas#59 ·
BlueBrain/Deep-Atlas の issue をすべて見る
似ている issue
-
ci-rerun: collect.py fails a whole pr-babysit cycle on one transient GitHub 5xx and never retriesオープンfollow-up
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 62/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 70/100
-
Built-in QUBO fallback applies bitwise xor to floating binary states対応中かも @iloveeyjafjalla が今日担当しました。 オープン
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
qboson/kaiwu-pytorch-plugin#1702 ·
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
-
bug v2
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 76/100
modelcontextprotocol/python-sdk#3811 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
cost:cheap practicality:seen-in-the-wild severity:medium
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
fairagro/m4.2_advanced_middleware_api#620 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信