Dimension incompatibility of NRRD files with ITK-snap
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Inizia tracciando dove la pipeline DeepAtlas scrive i file NRRD di output e verifica come viene generato l’header mostrato. Riproduci il malfunzionamento con ITK-Snap usando ALDH1L1.nrrd, quindi verifica che i file generati possano essere letti senza riscrivere manualmente l’header.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
The output NRRD files from the DeepAtlas pipeline cannot be read by ITK-snap visualization software.
The problem seems to be linked to the header setting.
Here is the error encountered:
/data/hippogang/build/buildbot/Nightly/itk/v5.2.1/itk/Modules/IO/NRRD/src/itkNrrdImageIO.cxx:292:
itk::ERROR: NrrdImageIO(0x561df21fdfb0): ReadImageInformation: Error reading /gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj137/piluso/atlas-densities/data/ccfv2/marker_volumes/ALDH1L1.nrrd:
[nrrd] nrrdLoad: trouble reading "/gpfs/bbp.cscs.ch/project/proj137/piluso/atlas-densities/data/ccfv2/marker_volumes/ALDH1L1.nrrd"
[nrrd] nrrdRead: trouble
[nrrd] _nrrdRead: trouble reading NRRD file
[nrrd] _nrrdFormatNRRD_read: trouble parsing space directions info |(25,0,0) (0,25,0) (0,0,25)|
[nrrd] _nrrdReadNrrdParse_space_directions: trouble getting space vector 4 of 4
[nrrd] _nrrdSpaceVectorParse: hit end of string before seeing (
with the header being:
OrderedDict([('type', 'float'), ('dimension', 4), ('space dimension', 3), ('sizes', array([528, 320, 456, 3])), ('space directions', array([[25., 0., 0.],
[ 0., 25., 0.],
[ 0., 0., 25.]])), ('endian', 'little'), ('encoding', 'gzip'), ('space origin', array([0., 0., 0.]))])
When rewriting the raw data in modifying the header:
OrderedDict([('type', 'float'), ('dimension', 3), ('sizes', array([528, 320, 456])), ('endian', 'little'), ('encoding', 'gzip')])
ITK-snap is able to read the output NRRD file.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 4
- Fork
- 2
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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