Error using BiocParallel on Travis

オープン

#61 2016年12月30日に作成コメント 5 件リアクション 0 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 4/5
見積もり時間: 3〜5日
初心者へのやさしさ: 30/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: 説明が足りない
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: ci-cd, distributed-systems

調査の方向性

Start by reproducing the failure in benchmarking.Rmd on Travis with BiocParallel's default MulticoreParam, then compare it with the SerialParam workaround. Review the MSnbase::quantify context and the linked Travis and MSnbase reports; the issue is resolved when the cause of the worker timeout is identified and the Travis build succeeds without the workaround.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I recently experienced the following error running parallel code with BiocParallel on Travis:

Quitting from lines 189-194 (benchmarking.Rmd) 
Error: processing vignette 'benchmarking.Rmd' failed with diagnostics:
setting worker timeout:
  error reading from connection
Execution halted

The error was reported here happened when running MSnbase::quantify that uses BiocParallel. Registering a SerialParam instead of the default MulticoreParam fixes the issue and now builds fine on Travis. I raised the issue on Travis directly, and it was suggested that there might be something wrong in BiocParallel.

Any idea?

主要言語: R
スター: 69
フォーク: 32
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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