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Error using BiocParallel on Travis

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
30/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
ci-cd, distributed-systems

Direzione di ricerca

Start by reproducing the failure in benchmarking.Rmd on Travis with BiocParallel's default MulticoreParam, then compare it with the SerialParam workaround. Review the MSnbase::quantify context and the linked Travis and MSnbase reports; the issue is resolved when the cause of the worker timeout is identified and the Travis build succeeds without the workaround.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

I recently experienced the following error running parallel code with BiocParallel on Travis:

Quitting from lines 189-194 (benchmarking.Rmd) 
Error: processing vignette 'benchmarking.Rmd' failed with diagnostics:
setting worker timeout:
  error reading from connection
Execution halted

The error was reported here happened when running MSnbase::quantify that uses BiocParallel. Registering a SerialParam instead of the default MulticoreParam fixes the issue and now builds fine on Travis. I raised the issue on Travis directly, and it was suggested that there might be something wrong in BiocParallel.

Any idea?

Lingua principale
R
Stelle
69
Fork
32
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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