Error using BiocParallel on Travis

Abierto

#61 abierto el 30/12/2016 5 comentarios 0 reacciones 0 asignados Ver en GitHub

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Evaluación

Dificultad: 4/5
Tiempo estimado: 3-5 días
Aptitud para principiantes: 30/100

Tipo de issue: Error
Claridad: Necesita aclaración
Estado de actividad: Estancado
Stack tecnológico: r
Área: ci-cd, distributed-systems

Línea de trabajo

Start by reproducing the failure in benchmarking.Rmd on Travis with BiocParallel's default MulticoreParam, then compare it with the SerialParam workaround. Review the MSnbase::quantify context and the linked Travis and MSnbase reports; the issue is resolved when the cause of the worker timeout is identified and the Travis build succeeds without the workaround.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

I recently experienced the following error running parallel code with BiocParallel on Travis:

Quitting from lines 189-194 (benchmarking.Rmd) 
Error: processing vignette 'benchmarking.Rmd' failed with diagnostics:
setting worker timeout:
  error reading from connection
Execution halted

The error was reported here happened when running MSnbase::quantify that uses BiocParallel. Registering a SerialParam instead of the default MulticoreParam fixes the issue and now builds fine on Travis. I raised the issue on Travis directly, and it was suggested that there might be something wrong in BiocParallel.

Any idea?

Lenguaje dominante: R
Estrellas: 69
Forks: 32
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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