TrnL Plant Coverage
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- r
- Ambito
- bioinformatics, data
Direzione di ricerca
Locate the complete species list, voucher and TrnL records, sequence reads file, and OTU-Taxon Linker referenced in the checklist. Summarize coverage, good reads, unvouchered species detections, identical sequences, and shared OTUID groups; done means all five questions have reproducible counts and flagged cases.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
-
How many voucher species from that list have had TrnL run
-
How many have a "good" TrnL read
-
How many species on the complete species list do we find being identified in the poop samples that we do not have vouchers for (i.e. they are identified at the species level in the sequence reads file)
-
How many species from our complete list have a TrnL sequence in the OTU-Taxon linker file but the sequence is identical to other species?
-
For species with a OTUID that is shared with other species in the OTU-Taxon Linker, is there only one species from our site in that group? (i.e. do we feel like we could assign that OTU to one of our species as a flagged low-quality DNA sequence)?
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 0
- Fork
- 1
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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