Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

TrnL Plant Coverage

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
bioinformatics, data

Hướng nghiên cứu

Locate the complete species list, voucher and TrnL records, sequence reads file, and OTU-Taxon Linker referenced in the checklist. Summarize coverage, good reads, unvouchered species detections, identical sequences, and shared OTUID groups; done means all five questions have reproducible counts and flagged cases.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

  • How many voucher species from that list have had TrnL run

  • How many have a "good" TrnL read

  • How many species on the complete species list do we find being identified in the poop samples that we do not have vouchers for (i.e. they are identified at the species level in the sequence reads file)

  • How many species from our complete list have a TrnL sequence in the OTU-Taxon linker file but the sequence is identical to other species?

  • For species with a OTUID that is shared with other species in the OTU-Taxon Linker, is there only one species from our site in that group? (i.e. do we feel like we could assign that OTU to one of our species as a flagged low-quality DNA sequence)?

Ngôn ngữ chính
R
Star
0
Fork
1
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của weecology/Metabarcoding

Tất cả issue của weecology/Metabarcoding

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.