Aerophilicity: four Bergey's genera annotated both aerobic and anaerobic, always

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
57/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Read the four genus entries in the linked spreadsheet and compare them with the corresponding Bergey's Manual text, starting with the Oceanobacillus and Streptobacillus clues in the issue. Determine whether each genus is aerobic, anaerobic, or facultatively anaerobic, then update the affected annotations and verify the pipeline no longer produces a 0.5/0.5 split for them. The issue does not name the repository files or tests to use.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

curation

Four genus rows from the Bergey's Manual scrape carry aerobic and anaerobic both with Frequency always, which the pipeline turns into a 0.5/0.5 split. Bergey's text will say which it is; most likely facultatively anaerobic, or one of the two.

Sheet: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1JgUzttAZf5Qu2obZ_2xXqsnEr_I1XKn_ZzNvrE6ssO4

  • Halostella
  • Oceanobacillus (most species are facultatively anaerobic)
  • Salinisphaera
  • Streptobacillus (facultatively anaerobic)

Related: #259 (Bacillus). Eleven more genera have aerobic + facultatively anaerobic splits from the same source; those are defensible and can stay.

Drafted with Claude Code.

Lingua principale
R
Stelle
6
Fork
6
Merge medio
1h 48m
PR unite (30g)
13

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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