Provide consistent species name to g:Profiler
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Start by reviewing issue #35 and the pipeline path that maps species names for g:Profiler. Determine how available species and their NCBI taxids are obtained, then verify that a consistent species identifier is passed for Physcomitrium patens; done means mapping works for the affected species and existing species inputs remain supported.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Description of the bug
When mapping gene IDs using g:Profiler with the species Physcomitrella patens, we get a bug because this species is registered in g:Profiler as Physcomitrium patens. We need to be able to provide a consistent species name to g:Profiler.
Ideally, the pipeline should get the NCBI taxid of all available species in g:Profiler and we should provide a NCBI taxid instead as input.
This should be treated after #35.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 10
- Fork
- 4
- Merge medio
- 1g 22h
- PR unite (30g)
- 9
Preparare l'ambiente
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Check species name at the very beginning of the pipeline using the NCBI Datasets APIForse di nuovo libera @OlivierCoen l’ha presa 42 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaenhancement
nf-core/stableexpression#35 · 1 assegnatario ·
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