Check species name at the very beginning of the pipeline using the NCBI Datasets API
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
@OlivierCoen ci sta già lavorando.
Dal 16/9/2026.
Valutazione
Questa issue non è ancora stata valutata.
Descrizione
Description of feature
Currently, species are just reformatted but no check is performed to ensure that they correspond to a real species.
If there is a typo in the species name provided as input (eg. aspergilus fumigatus instead of aspergillus fumigatus), the pipeline will fail with a message saying that Expression Atlas could not find data for it. Instead, I want to check beforehand if this is a real species name, and log an error message saying that the provided species does not exist.
It should be implemented with the NCBI Dataset API.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 10
- Fork
- 4
- Merge medio
- 1g 22h
- PR unite (30g)
- 9
Preparare l'ambiente
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Come iniziare
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