Check species name at the very beginning of the pipeline using the NCBI Datasets API
@OlivierCoen ya está trabajando en esto.
Desde el 16/9/2026.
Evaluación
Este issue todavía no se ha evaluado.
Descripción
Description of feature
Currently, species are just reformatted but no check is performed to ensure that they correspond to a real species.
If there is a typo in the species name provided as input (eg. aspergilus fumigatus instead of aspergillus fumigatus), the pipeline will fail with a message saying that Expression Atlas could not find data for it. Instead, I want to check beforehand if this is a real species name, and log an error message saying that the provided species does not exist.
It should be implemented with the NCBI Dataset API.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 10
- Forks
- 4
- Merge medio
- 30 min
- PR fusionados (30 d)
- 2
Preparar el entorno
Inicia el contenedor de desarrollo del proyecto en tu navegador, con tu propia cuenta de GitHub.
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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