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new module: tchem/detect and tchem/fetchlists

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I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

@artymisterJ ci sta già lavorando.

Dal 29/10/2026.

  • #13494 di @artymisterJ — aperta

Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
15/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
rust
Ambito
bioinformatics, tooling

Direzione di ricerca

The issue says both modules and their nf-test tests are already written, and the author plans to open a draft PR after the Bioconda recipe merges and a BioContainers image exists. Start by checking the recipe status and image availability, then review the module and test files in the eventual PR. Done means the draft can be made ready and the modules detect chemistry and fetch verified barcode lists as described.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Is there an existing module for this?
  • I have searched for the existing module
Is there an open PR for this?
  • I have searched for existing PRs
Is there an open issue for this?
  • I have searched for existing issues
Further Information

tchem (tussl-chemistry) is an Apache-2.0 Rust tool. It works out a single-cell RNA library's chemistry from the first ~100k reads, with no index: the kit, the read geometry, the barcode lists, the cDNA strand and the library type. It covers several vendors. It also spots swapped R1/R2 and sets aside I1/I2 index reads.

There are two modules:

  • tchem/fetchlists downloads the vendors' barcode lists once and checks each one against a registered sha256. The lists belong to the vendors and are never redistributed. It can optionally take a Cell Ranger install for the lists only Cell Ranger ships (10x Flex).
  • tchem/detect takes one lane's reads (R1/R2 FASTQ in any order, or one long-read FASTQ/BAM) plus the lists, and writes a versioned *.chemistry.json report for each sample.

The motivation is --protocol auto in nf-core/scrnaseq (nf-core/scrnaseq#388). The pipeline would read the report and route each sample to the right protocol for alevin, kallisto, STAR or Cell Ranger.

Both modules and their nf-test tests are already written. I'll open the PR as a draft and mark it ready once the Bioconda recipe merges and the BioContainers image exists.

Are you going to work on this?
  • If I'm planning to work on this module, I added myself to the Assignees to facilitate tracking who is working on the module
Software requirements (conda)
---
# yaml-language-server: $schema=https://raw.githubusercontent.com/nf-core/modules/master/modules/environment-schema.json
channels:
  - conda-forge
  - bioconda
dependencies:
  - bioconda::tussl-chemistry=0.1.0
Lingua principale
Nextflow
Stelle
434
Fork
1.1k
Merge medio
1g 28m
PR unite (30g)
249

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