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ivar/trim directs log info to stderr resulting in blank log files

Aperta Adatta ai principianti
  • Qualcosa non va?
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I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
78/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Attiva
Ambito
backend

Direzione di ricerca

Individua la sezione dello script del modulo ivar/trim menzionata nell’issue e verifica come reindirizza l’output a ivar.log. Inizia esaminando il test o l’utilizzo esistente del modulo per confermare come viene eseguito il comando. Il lavoro è concluso quando il riepilogo dei primer e le statistiche di trimming compaiono nel file di log invece che in .command.err.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

bug
Have you checked the docs?
Description of the bug

The ivar trim command prints the primer summary and and trimming statistics to standard error. Currently, the ivar/trim module only redirects standard output to an ivar.log file. This causes a blank ivar.log and the trimming stats and primer info can be found in Nextflow's execution error file, .command.err.

This error can be observed in any pipeline that uses the nf-core/ivar/trim module.

My proposed fix for this is to redirect the standard error along with the standard out into the ivar.log file, so both can be captured. Here is a proposed update to the script section of the module (adds 2>&1):

    ivar trim \\
        ${args} \\
        -i ${bam} \\
        -b ${bed} \\
        -p ${prefix} \\
        > ${prefix}.ivar.log 2>&1

I can create a PR for this fix as well, but will wait for other opinions on potential fixes.
Let me know if you have further questions or if I can provide more information. Thanks!

Command used and terminal output
Relevant files

No response

System information

Nextflow version 26.10.4
Observed locally (Linux) and in the cloud (AWS)
Tested with Docker

Lingua principale
Nextflow
Stelle
434
Fork
1.1k
Merge medio
21h 29m
PR unite (30g)
242

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
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  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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