Sam-merge error checking doesn't work well with BWA aligned reads
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, tooling
Direzione di ricerca
Non è stato identificato alcun file o test. Inizia individuando la gestione delle espressioni regolari di stdio in sam-merge e il modo in cui elabora gli avvisi di validazione BAM generati da BWA; il lavoro è completato quando gli avvisi di validazione MAPQ segnalati da BWA non causano più il fallimento di sam-merge, tramite l'espressione regolare o un'opzione esplicita di ignoramento.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
BWA's output bam generates some warning which in turn cause sam-merge to fail:
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12684017, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2216:1236:23192, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12401587, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:1:1102:7867:12491, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685834, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2216:1236:23192, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685835, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:1112:4919:44036, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685836, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2208:18665:39296, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685837, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2203:14340:2714, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685838, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2113:19252:76901, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685839, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:1112:1458:9142, MAPQ should be 0 for unmapped read.
For sam-merge to work with BWA, stdio regex should ignore SAM validation errors or an option should be provided to ignore these errors.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 37
- Fork
- 94
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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