Sam-merge error checking doesn't work well with BWA aligned reads
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics, tooling
Línea de trabajo
No se identifica ningún archivo ni prueba. Empieza por localizar el manejo de expresiones regulares de stdio de sam-merge y cómo procesa las advertencias de validación de BAM generadas por BWA; se considera terminado cuando las advertencias de validación de MAPQ informadas por BWA ya no hacen que sam-merge falle, ya sea mediante la expresión regular o una opción explícita de ignorar.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
BWA's output bam generates some warning which in turn cause sam-merge to fail:
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12684017, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2216:1236:23192, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12401587, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:1:1102:7867:12491, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685834, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2216:1236:23192, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685835, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:1112:4919:44036, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685836, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2208:18665:39296, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685837, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2203:14340:2714, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685838, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2113:19252:76901, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685839, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:1112:1458:9142, MAPQ should be 0 for unmapped read.
For sam-merge to work with BWA, stdio regex should ignore SAM validation errors or an option should be provided to ignore these errors.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 37
- Forks
- 94
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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