Sam-merge error checking doesn't work well with BWA aligned reads
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- bioinformatics, tooling
Hướng nghiên cứu
Chưa xác định được tệp hoặc bài kiểm thử nào. Hãy bắt đầu bằng việc xác định cách sam-merge xử lý regex của stdio và cách nó xử lý các cảnh báo xác thực BAM do BWA tạo ra; công việc được xem là hoàn tất khi các cảnh báo xác thực MAPQ do BWA báo cáo không còn khiến sam-merge thất bại, thông qua regex hoặc một tùy chọn bỏ qua rõ ràng.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
BWA's output bam generates some warning which in turn cause sam-merge to fail:
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12684017, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2216:1236:23192, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12401587, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:1:1102:7867:12491, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685834, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2216:1236:23192, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685835, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:1112:4919:44036, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685836, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2208:18665:39296, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685837, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2203:14340:2714, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685838, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:2113:19252:76901, MAPQ should be 0 for unmapped read.
Ignoring SAM validation error: ERROR: Record 12685839, Read name D00539:104:H5T7GBCXX:2:1112:1458:9142, MAPQ should be 0 for unmapped read.
For sam-merge to work with BWA, stdio regex should ignore SAM validation errors or an option should be provided to ignore these errors.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 37
- Fork
- 94
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của galaxyproject/tools-devteam
-
Scatterplot: select the columns based on colnames rather than position in the tableCó thể đã có người làm @hechth đã nhận 631 ngày trước. Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
galaxyproject/tools-devteam#632 · 1 bình luận ·
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
galaxyproject/tools-devteam#626 ·
-
Test against 22.01Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 15/100
galaxyproject/tools-devteam#602 · 2 bình luận ·
-
Unused tool parametersĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 45/100
galaxyproject/tools-devteam#601 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 38/100
galaxyproject/tools-devteam#597 · 4 bình luận ·
Tất cả issue của galaxyproject/tools-devteam
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 67/100
pydot/pydot#601 · 4 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
letsencrypt/cp-cps#361 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
-
CI: startup_failure because callers grant fewer permissions than ledger-app-workflows@v1 declaresCó thể đã có người làm @maykonmichel đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
LedgerHQ/app-boilerplate-rust#227 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
linuxmint/mintupdate#1107 ·