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`bids_version` is always `None` since the switch to bids-validator-deno

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
Mezza giornata
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
deno, python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Start in dandi/files/bids.py at _validate(), which reads origin.standard_version, then check dandi/bids_validator_deno/_validator.py where that field is commented out. Decide with maintainers whether to read BIDSVersion from dataset_description.json or remove bids_version and get_validation_bids_version(). Done means bids_version is populated or cleanly dropped, and nwb.get_metadata() no longer triggers a deno validation run.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

BIDS bug

BIDSDatasetDescriptionAsset.bids_version is always None. So are BIDSAsset.get_validation_bids_version() and the bids_version key that dandi.metadata.nwb.get_metadata() adds for files in a BIDS dataset (shown by dandi ls).

_validate() takes it from self._dataset_errors[0].origin.standard_version:
https://github.com/dandi/dandi-cli/blob/ad8f64d9abeada4bf87b68eb1a69bea36895ba03/dandi/files/bids.py#L167-L170

But since #1599 switched to bids-validator-deno, the Origin never sets standard_version. It is commented out because BIDSVersion is not available from the validator:
https://github.com/dandi/dandi-cli/blob/ad8f64d9abeada4bf87b68eb1a69bea36895ba03/dandi/bids_validator_deno/_validator.py#L340-L350

Checked with bids-validator-deno 3.0.2 on ieeg_epilepsyNWB from bids-examples: all 76 results have origin.standard_version=None. Even before #1599, the version was set only if validation returned at least one result (if self._dataset_errors:).

Producing this None is not free: get_validation_bids_version() runs a full deno validation of the dataset when its results are not already cached. That is the case for every NWB file passed through nwb.get_metadata(), which creates a new BIDSDatasetDescriptionAsset each time.

Possible fixes:

  • read BIDSVersion from the dataset's dataset_description.json (the version the dataset declares), and/or expose the validator's schema version, which is already in origin.standard_schema_version;
  • or drop bids_version and get_validation_bids_version() if nothing needs them.

Found while reviewing #1958.

Lingua principale
Python
Stelle
29
Fork
37
Merge medio
1g 5h
PR unite (30g)
20

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