Make NPT Nosé Hoover able to run anisotropic simulation
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 20/100
Direzione di ricerca
Start by reading the cited Martyna et al. paper, then inspect NPTNoseHooverState and the NPT Nose–Hoover init/step functions. The issue identifies these as the implementation area; completion means supporting cell changes in all three lengths and the angles, for six degrees of freedom, rather than isotropic scaling alone.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
NPT MD simulations allow to have fixed pressure, while the cell shape changes. At the moment only isotropic volume change is possible: the cell is scaled by a scalar factor, the angles stay the same and the ratio of length too. In order to observe phase transition, it's important that the cell can change shape (example: titanium hcp -> bcc transition around 1150K).
NPT Nosé Hoover comes from Martyna, G. J., Tuckerman, M. E., Tobias, D. J., & Klein, M. L. (1996). Explicit reversible integrators for extended systems dynamics. Molecular Physics, 87(5), 1117-1157. This paper completely describes the exact time discretization that needs to be implemented.
It's possible to implement a full anisotropic method (angles and length). It should be possible to only modify the current implementation (NPTNoseHooverState and init/step functions) in order to accept all possibilities (x, y, z lengths variations and angles) with a total of 6 degrees of freedom.
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 502
- Fork
- 108
- Merge medio
- 1g 1h
- PR unite (30g)
- 12
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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