Make NPT Nosé Hoover able to run anisotropic simulation
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Evaluación
- Dificultad
- 5/5
- Tiempo estimado
- Más de una semana
- Aptitud para principiantes
- 20/100
Línea de trabajo
Start by reading the cited Martyna et al. paper, then inspect NPTNoseHooverState and the NPT Nose–Hoover init/step functions. The issue identifies these as the implementation area; completion means supporting cell changes in all three lengths and the angles, for six degrees of freedom, rather than isotropic scaling alone.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
NPT MD simulations allow to have fixed pressure, while the cell shape changes. At the moment only isotropic volume change is possible: the cell is scaled by a scalar factor, the angles stay the same and the ratio of length too. In order to observe phase transition, it's important that the cell can change shape (example: titanium hcp -> bcc transition around 1150K).
NPT Nosé Hoover comes from Martyna, G. J., Tuckerman, M. E., Tobias, D. J., & Klein, M. L. (1996). Explicit reversible integrators for extended systems dynamics. Molecular Physics, 87(5), 1117-1157. This paper completely describes the exact time discretization that needs to be implemented.
It's possible to implement a full anisotropic method (angles and length). It should be possible to only modify the current implementation (NPTNoseHooverState and init/step functions) in order to accept all possibilities (x, y, z lengths variations and angles) with a total of 6 degrees of freedom.
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 502
- Forks
- 108
- Merge medio
- 1 d 1 h
- PR fusionados (30 d)
- 12
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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