Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

nf-core/tools

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Python package with helper tools for the nf-core community.

nf-core/tools è adatto ai principianti?

I maintainer di nf-core/tools di solito rispondono a una pull request entro 1 giorno. In questo momento sono aperte 11 issue adatte ai principianti.

Stelle
324
Fork
256
Issue aperte per principianti
11
Issue indicizzate
365
Merge medio
1g 12h
PR unite (30g)
8
Lingua principale
Python
Licenza
MIT
Ultimo push su GitHub
29/7/2026
Ultima indicizzazione
19/9/2026
Guida per i contributori
Codice di condotta
Label per principianti
good first issue

Come contribuire a nf-core/tools

  1. Leggi prima la guida per contribuire: spiega come i maintainer vogliono che le modifiche siano proposte, testate e revisionate.
  2. Il progetto include un dev container: aprilo in Codespaces per avere un ambiente funzionante nel browser.
  3. Leggi il suo codice di condotta: vale per issue e pull request tanto quanto per la chat.
  4. Scegli una delle 11 issue aperte adatte ai principianti qui sotto e, prima di iniziare, scrivi in un commento che vuoi occupartene.
Adatte ai principianti Tutto
Aperta Tutte

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

  • Add --force and --all flags to modules/subworkflows patch command
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100

    nf-core/tools#4494 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Typed pipelines and pipeline composition: lint and template changes
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/tools#4493 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • pipelines lint crashes with a KeyError when a subworkflow imports a record type from a module
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4490 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Bump nft-utils version to 1.2.1 in the template
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100

    nf-core/tools#4488 · 2 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • test_full CI overwrites plugin scope defined in the pipeline causing failures
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100

    nf-core/tools#4487 · 3 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • nf-core pipeline download fails with singularity
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/tools#4484 · 1 commento ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • nf_core.utils.fetch_wf_config json cache files for nextflow config output don't differentiate between old -flat and new -o json config formats
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 64/100

    nf-core/tools#4481 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • linting error on multiqc
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4479 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Reduce privileged-token exposure in fix_linting.yml
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/tools#4471 · 1 commento ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • nf-core/tools: EDAM ontology map covers 61 of 728 format concepts, and a failed download is indistinguishable from "no term exists"
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

    nf-core/tools#4468 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Malformed or missing manifest.name gives opaque error / IndexError instead of a lint failure
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 72/100

    nf-core/tools#4467 · 1 commento ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • IndexError: string index out of range
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4464 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • missing build_id value
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    awaiting-feedback bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/tools#4458 · 2 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Missing corresponding arm build
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/tools#4457 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add support to Apple container
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/tools#4456 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Formatting issues when generating container definitions
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100

    nf-core/tools#4452 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • `nf-core pipelines lint` silently suppresses all module linting on error.
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    nf-core/tools#4447 · 4 commenti · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Action Required: Fix Renovate Configuration
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?

    nf-core/tools#4446 · 2 commenti · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add linting to flag outdir being set in test_full or test
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

    nf-core/tools#4440 · 1 commento ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • [request] Lint for a potential runtime error with nf-test and github actions
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4419 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Lint error: `KeyError: 'manifest.name'` with contributor ORCiD
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4416 · 1 commento · 2 reazioni ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • `--plain-text` for `test` commands
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/tools#4372 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Pull online test-datasets with `nf-core pipelines download`
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    download enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/tools#4370 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Ro-crate path to file not being automatically updated
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

    nf-core/tools#4369 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Schema validation parses string incorrectly if they're quoted integers
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

    nf-core/tools#4367 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Linting or GHA to test whether all modules of a module suite are updated
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement linting modules

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4355 · 1 commento ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Auto-updated markdown table of default resource requests in pipeline template
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 48/100

    nf-core/tools#4345 · 6 commenti · 3 reazioni ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Consider enforcing line feeds in .gitattributes
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100

    nf-core/tools#4341 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Validate output files using the new output syntax in documentation
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/tools#4336 · 1 reazione ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Keep the citations file in sync with installed modules (nf-core/tools lint)
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4328 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Incorrect if-statement logic in nf-core modules test output
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100

    nf-core/tools#4327 · 4 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Investigate reducing base container size for wave provisioned containers.
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    infrastructure

    Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/tools#4315 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Check for dead links in the template during linting
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    nf-core/tools#4308 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • User-selected branch used for upstream repo when updating modules from a forked subworkflow remote
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

    nf-core/tools#4296 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Add option to disable creating container configs
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/tools#4295 · 1 commento ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • stack trace using nf-core modules test
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4273 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Handle deprecated and deleted modules/subworkflows gracefully
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

    nf-core/tools#4260 · 1 reazione ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • meta.json stub file trips up meta_nf_meta_key linting
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/tools#4250 · 5 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • stub `.gz` linting is too restrictive
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug good-first-issue

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100

    nf-core/tools#4231 · 2 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Fetch pipeline config in JSON
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100

    nf-core/tools#4204 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Patch file is removed when previewing an update diff
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

    nf-core/tools#4183 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • modules.json - inconsistent formatting across functions
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 66/100

    nf-core/tools#4177 · 2 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Update lint checks for `modules_testdata_base_path` and `pipelines_testdata_base_path`
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100

    nf-core/tools#4176 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Error install subworkflow with specific module
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

    nf-core/tools#4173 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Make `utils_nfcore_<pipeline>_pipeline` subworkflow nf-core linting compliant or don't lint file
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug linting

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

    nf-core/tools#4157 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Using strict syntax causes template to raise an error when setting boolean options on CLI
    Aperta
    • Qualcosa non va?

    Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 52/100

    nf-core/tools#4100 · 9 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Configbuilder: _detect_module_system() and _get_container_systems() don't work as expected.
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    bug

    nf-core/tools#4098 · 1 commento · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Allow aliasing of git remotes with short names
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

    nf-core/tools#4096 · 3 commenti ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Configbuilder: Automated process detection
    Forse di nuovo libera Aperta
    • Qualcosa non va?
    command line tools enhancement

    nf-core/tools#4089 · 1 assegnatario ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

  • Configbuilder: refactor & clean up code
    Aperta
    • Qualcosa non va?
    command line tools enhancement

    Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

    nf-core/tools#4088 ·

    I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

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