Chai prediction with ligands
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- machine-learning
Direzione di ricerca
Trace the Chai1 pipeline that generates input FASTA files and the RFdiffusion2 output backbone residue numbering. Reproduce a run with two ligands sharing a name, then verify that ligands are not written as protein entries and that both ligand copies remain in the Chai1 input and metrics results.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi!
I've noticed two bugs relating to Chai1 prediction of ligands when running the pipeline.
- Ligands are incorrectly added as 'protein' entries into the Chai1 input fasta files.
- If backbones are generated around two ligands of the same name, then they will both be incorrectly given the same residue number in the RFdiffusion2 output backbone. This doesn't affect the LigandMPNN step, but it means that only one copy of the ligand is added to the Chai1 input fasta file. This means the predicted structures only have one of two ligands, throwing off the metrics step.
Happy to share more info if needed. Thanks!
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 448
- Fork
- 71
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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