How to generate cyclic backbone with rfdiffusion2
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- bioinformatics, machine-learning
Direzione di ricerca
Start with rf_diffusion/run_inference.py and trace how contigmap.has_termini, inference.denoiser, and inference.cyc_chains are parsed and applied. Check the cyclic-binder inference path and its examples or configuration documentation; done means documenting the complete required parameters or confirming a reproducible configuration that generates a cyclic binder in chain B.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I run rf_diffusion/run_inference.py to generate a binder in chain B for target protein in chain A with parameters contigmap.has_termini=[true, false] inference.denoiser=cyclic inference.cyc_chains=['B']. but I still cannot get a cyclic binder. is there any othre necessary parameters for cyclic binder?
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 447
- Fork
- 70
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di RosettaCommons/RFdiffusion2
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 42/100
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100
RosettaCommons/RFdiffusion2#46 · 2 commenti ·
-
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
RosettaCommons/RFdiffusion2#43 · 4 commenti ·
-
Unexpected true atoms...Aperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
RosettaCommons/RFdiffusion2#40 · 8 commenti ·
-
Double Ligand EnzymeAperta
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100
RosettaCommons/RFdiffusion2#38 · 1 commento ·
Tutte le issue di RosettaCommons/RFdiffusion2
Issue simili
-
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 60/100
521xueweihan/HelloGitHub#3924 ·
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 67/100
wilbowes/EchoMuse#869 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
-
Claiming namespace `jft63`Apertanamespace operations
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 72/100
EclipseFdn/open-vsx.org#14043 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
test: TestServeUntilStale races the server's close against the client's sendall (BrokenPipeError under load)Forse già presa @evoludigit l’ha presa oggi. Aperta
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 89/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno