Run the pipeline without container
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Valutazione
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- cli, documentation
Direzione di ricerca
Start with rf_diffusion/benchmark/pipeline.py and the benchmarks.json example, then compare the documented container invocation with the shown manual-installation command. Done when the repository explains the correct non-container command and its required arguments, including how benchmark 10_62 is supplied.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi, thanks for your work.
Could you please provide how to run the pipeline in case of manual installation of the environment?
If I run:
/home/user/RFdiffusion2/rf_diffusion/benchmark/pipeline.py --benchmarks 10_62
--num_per_condition 10 --num_per_job 2 --out run1/run1
--args "diffuser.T=20|50 diffuser.aa_decode_steps=5|10"
"diffuser.T=100|200 diffuser.aa_decode_steps=20|40"
where 10_62 is a item of interest in a json file named benchmarks.json, written following your example, I got:
Default apptainer not found (you can build it from exec/rf_diffusion_aa.spec): /home/giulia/RFdiffusion2/rf_diffusion/exec/rf_diffusion_aa.sif
No apptainer found. Attempting to run /home/user/RFdiffusion2/rf_diffusion/benchmark/pipeline.py with /home/user/anaconda3/envs/rfd2_env_124/bin/python
usage: pipeline.py [--help] [--hydra-help] [--version] [--cfg {job,hydra,all}] [--resolve] [--package PACKAGE] [--run] [--multirun]
[--shell-completion] [--config-path CONFIG_PATH] [--config-name CONFIG_NAME] [--config-dir CONFIG_DIR]
[--experimental-rerun EXPERIMENTAL_RERUN] [--info [{all,config,defaults,defaults-tree,plugins,searchpath}]]
[overrides ...]
pipeline.py: error: unrecognized arguments: --benchmarks --num_per_condition 10 --num_per_job 2 --out run1/run1 --args diffuser.T=20|50 diffuser.aa_decode_steps=5|10 diffuser.T=100|200 diffuser.aa_decode_steps=20|40
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 447
- Fork
- 70
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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