Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

Building of TSs with reactant and product species geometries

Aperta
  • Qualcosa non va?
#70 1 commento 0 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
tooling

Direzione di ricerca

Start with the proposed entry points autotst.reaction and autotst.conformer.systematic, then review how optimized geometries, bounds matrices, and conformer analysis are currently handled. The work is done when optimized reactant and product geometries can be read or generated with a warning, TS construction uses tighter bounds for bound atoms, and conformer analysis covers rotatable torsions without cis/trans bonds or chiral centers.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Conformational changes like inversion of chiral centers and rotation about double bonds rarely occur when reactants go to TSs (e.g. a reactant containing a cis double bond will probably have a TS with that corresponding double bond being cis). This is similar to the templating idea proposed in #33, but with a variation. I'm proposing that we do the following when building a TS geometry:

  1. Read in QM optimized geometries, if they exist, for reactants and products.
  2. Perform conformer analysis and QM optimization for reactants and products that have no optimized geometries and read them in.
  3. Using optimized geometries for reactants and products, construct a TS geometry using a tighter bounds matrix for bound atoms (because we trust these values)
  4. Perform a conformer analysis on rotatable torsions only because cis/trans bonds and chiral centers probably won't invert.

This would require us to do the following:

  • Create a database of optimized geometries for autotst.reaction to read from
    • Possibly build the geometry with RDKit if a reactant or product geometry isn't available but post a warning.
  • Revise the way the bounds matrix is edited in autotst.reaction
  • Revise the conformer analysis in autotst.conformer.systematic to not include cit/trans bonds and chiral centers
Lingua principale
Python
Stelle
51
Fork
19
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Tutte le issue di ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Issue simili

Altre issue su Python

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.