Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Building of TSs with reactant and product species geometries

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#70 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
tooling

Hướng nghiên cứu

Start with the proposed entry points autotst.reaction and autotst.conformer.systematic, then review how optimized geometries, bounds matrices, and conformer analysis are currently handled. The work is done when optimized reactant and product geometries can be read or generated with a warning, TS construction uses tighter bounds for bound atoms, and conformer analysis covers rotatable torsions without cis/trans bonds or chiral centers.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Conformational changes like inversion of chiral centers and rotation about double bonds rarely occur when reactants go to TSs (e.g. a reactant containing a cis double bond will probably have a TS with that corresponding double bond being cis). This is similar to the templating idea proposed in #33, but with a variation. I'm proposing that we do the following when building a TS geometry:

  1. Read in QM optimized geometries, if they exist, for reactants and products.
  2. Perform conformer analysis and QM optimization for reactants and products that have no optimized geometries and read them in.
  3. Using optimized geometries for reactants and products, construct a TS geometry using a tighter bounds matrix for bound atoms (because we trust these values)
  4. Perform a conformer analysis on rotatable torsions only because cis/trans bonds and chiral centers probably won't invert.

This would require us to do the following:

  • Create a database of optimized geometries for autotst.reaction to read from
    • Possibly build the geometry with RDKit if a reactant or product geometry isn't available but post a warning.
  • Revise the way the bounds matrix is edited in autotst.reaction
  • Revise the conformer analysis in autotst.conformer.systematic to not include cit/trans bonds and chiral centers
Ngôn ngữ chính
Python
Star
51
Fork
19
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Tất cả issue của ReactionMechanismGenerator/AutoTST

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.