using PyPlot hangs/kills julia 1.8.5 or 1.9.0 on MacOS
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data-visualization
Direzione di ricerca
Riproduci il problema usando i comandi di avvio forniti per Julia 1.8/1.9, LD_LIBRARY_PATH e using Conda, using PyCall, quindi using PyPlot su macOS. Verifica l’installazione di matplotlib di Conda segnalata e il precedente conflitto della dylib MKL; l’attività è completata quando using PyPlot termina senza bloccarsi né uscire con Killed: 9.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
using PyPlot hangs or kills julia 1.8.5 or 1.9.0 on MacOS
Synopsis
using PyPlot hangs julia. No progress for >10 hours. No error message. User ^C exits julia with Killed: 9.
With repeated testing, behavior has evolved to crash immediately with Killed: 9, where it had hung.
Demonstration
Carefully recursively force-removed the conda directory $HOME/.julia/conda, which seems to be shared between julia 1.8 and 1.9.
Start julia, making sure dynamic dependencies are consistent with the conda python installation.
LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.8.app/Contents/Resources/julia/bin/julia
or
LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.9.app/Contents/Resources/julia/bin/julia
Make sure julia is using the conda python distribution and build PyCall.
ENV["PYTHON"]=""
]build PyCall
Building Conda ─→ `~/.julia/scratchspaces/44cfe95a-1eb2-52ea-b672-e2afdf69b78f/e32a90da027ca45d84678b826fffd3110bb3fc90/build.log`
Building PyCall → `~/.julia/scratchspaces/44cfe95a-1eb2-52ea-b672-e2afdf69b78f/62f417f6ad727987c755549e9cd88c46578da562/build.log`
...
Quit and restart julia, then run
using PyPlot
Since we started by wiping ~/.julia/conda, matplotlib is not installed. Conda is automatically deployed to install it:
[ Info: Installing matplotlib via the Conda matplotlib package...
[ Info: Running `conda install -y matplotlib` in root environment
...
Executing transaction: done
It hangs there.
Kill julia with ^C -> Killed: 9.
Try again now that matplotlib is installed:
LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.8.app/Contents/Resources/julia/bin/julia
ENV["PYTHON"]=""
using PyPlot
Result: It just hangs immediately. So, I think probably conda installs matplotlib (maybe OK?), but julia is unable to use it.
I have to kill julia with ^C -> Killed: 9.
Trying again.
LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.8.app/Contents/Resources/julia/bin/julia
ENV["PYTHON"]=""
using Conda # returns
using PyCall # returns
using PyPlot # crashes
Killed: 9
Crashes and exits.
Even wiping .julia/conda again, it just crashes now with Killed: 9
Background
PyPlot had previously been working for me.
The first sign of trouble was an MKL dylib conflict error message and crash when running using PyPlot.
Unfortunately after many ^Cs I can't find that error message.
I updated julia's conda after that. Then I got the behavior reported above.
- Lingua principale
- Julia
- Stelle
- 489
- Fork
- 90
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
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