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using PyPlot hangs/kills julia 1.8.5 or 1.9.0 on MacOS

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Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
3-5 dias
Facilidade para iniciantes
35/100
Tipo de issue
Bug
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
python
Domínio
data-visualization

Direção de pesquisa

Reproduza a falha usando os comandos de inicialização fornecidos do Julia 1.8/1.9, LD_LIBRARY_PATH e using Conda, using PyCall e, em seguida, using PyPlot no macOS. Verifique a instalação do matplotlib do Conda relatada e o conflito anterior da dylib do MKL; considera-se concluído quando using PyPlot é concluído sem travar ou sair com Killed: 9.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

using PyPlot hangs or kills julia 1.8.5 or 1.9.0 on MacOS

Synopsis

using PyPlot hangs julia. No progress for >10 hours. No error message. User ^C exits julia with Killed: 9.

With repeated testing, behavior has evolved to crash immediately with Killed: 9, where it had hung.

Demonstration

Carefully recursively force-removed the conda directory $HOME/.julia/conda, which seems to be shared between julia 1.8 and 1.9.

Start julia, making sure dynamic dependencies are consistent with the conda python installation.

LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.8.app/Contents/Resources/julia/bin/julia

or

LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.9.app/Contents/Resources/julia/bin/julia

Make sure julia is using the conda python distribution and build PyCall.

ENV["PYTHON"]=""
]build PyCall
    Building Conda ─→ `~/.julia/scratchspaces/44cfe95a-1eb2-52ea-b672-e2afdf69b78f/e32a90da027ca45d84678b826fffd3110bb3fc90/build.log`
    Building PyCall → `~/.julia/scratchspaces/44cfe95a-1eb2-52ea-b672-e2afdf69b78f/62f417f6ad727987c755549e9cd88c46578da562/build.log`
...

Quit and restart julia, then run

using PyPlot

Since we started by wiping ~/.julia/conda, matplotlib is not installed. Conda is automatically deployed to install it:

[ Info: Installing matplotlib via the Conda matplotlib package...
[ Info: Running `conda install -y matplotlib` in root environment
...
Executing transaction: done

It hangs there.

Kill julia with ^C -> Killed: 9.

Try again now that matplotlib is installed:

LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.8.app/Contents/Resources/julia/bin/julia
ENV["PYTHON"]=""
using PyPlot

Result: It just hangs immediately. So, I think probably conda installs matplotlib (maybe OK?), but julia is unable to use it.

I have to kill julia with ^C -> Killed: 9.

Trying again.

LD_LIBRARY_PATH="$HOME/.julia/conda/3/lib" /Applications/Julia-1.8.app/Contents/Resources/julia/bin/julia
ENV["PYTHON"]=""
using Conda  # returns
using PyCall  # returns
using PyPlot  # crashes
Killed: 9

Crashes and exits.

Even wiping .julia/conda again, it just crashes now with Killed: 9

Background

PyPlot had previously been working for me.
The first sign of trouble was an MKL dylib conflict error message and crash when running using PyPlot.
Unfortunately after many ^Cs I can't find that error message.

I updated julia's conda after that. Then I got the behavior reported above.

Linguagem predominante
Julia
Estrelas
489
Forks
90
Nenhum PR com merge em 30d

Preparar o ambiente

Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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