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Add flag to toggle `"ForceAcceptedLastResort"` resolution

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia tracciando il comportamento di risoluzione di ForceAcceptedLastResort nella pipeline e il modo in cui i taxa senza corrispondenza entrano nel bucket "unresolved". Determina in che modo un toggle dovrebbe influire sulle etichette di fallback fornite dalla fonte e se il matching dei nomi comuni rientra nell'ambito. Il lavoro è considerato completato quando il comportamento scelto è esplicito e distingue in modo coerente i taxa risolti da quelli non risolti.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

edge case

We may not always want to force unmatched taxonomic labels to be resolved to the source-provided labels. It could be helpful to push these into the "unresolved" bucket for potential review.

Example from TreeOfLife-10M re-resolution:

{"uuid": "1375e525-845c-492a-9a9c-5a4476750ec7", 
"source_id": "30030699", 
"scientific_name": "Giant stick insect", 
"phylum": null, 
"class": null, 
"order": null, 
"family": null, 
"genus": "Giant", 
"species": "Giant stick insect", 
"kingdom": null, 
"common_name": "Giant stick insect"}

This is an example of improperly labeled source data that was fed into the pipeline. Since there was no resolution profile to which it could match, this was forced through to resolve as provided by the source. In this case, we would not want such a resolution to be considered "resolved".

Alternatively (or additionally), we could consider a common-name match resolution option (all unresolved taxa from TreeOfLife-10M have common name labels, but no other taxa).

Lingua principale
Python
Stelle
20
Fork
0
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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