MD tasks: copy back traj.xtc, ener.edr and topol.tpr (or up to a size limit), and continuous time along a study chain
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 30/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- c
- Ambito
- backend, data-visualization
Direzione di ricerca
Start by locating how MD tasks copy outputs into Outputs, how continuations obtain their provider's end time and step, and how the Viewer assembles a study's timelines. The issue names the run directory, Outputs, and Viewer, but no source files or tests. Done means optional, size-limited copy-back of the requested files, continuation with continuous time, and a shared time axis in the Viewer.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
After a GROMACS study finishes, traj.xtc, ener.edr and topol.tpr stay in the run directory; Outputs holds only the final .gro, chemsys.pdb and the log, so every analysis starts with ecce-fetch <task> traj.xtc ener.edr topol.tpr. And each task's clock restarts at 0 (tinit = 0), so Equilibrate and Dynamics trajectories cannot simply be joined. Wanted: copy-back of .xtc/.edr/.tpr for MD tasks (with a size limit and the option to leave them), a continuation that takes tinit and init-step from where its provider ended, and the Viewer showing a study's tasks on one time axis.
- Lingua principale
- C
- Stelle
- 10
- Fork
- 8
- Merge medio
- 21m
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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