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GROMACS results: what a minimisation shows (pressure, step plots, energy format)

Aperta
  • Qualcosa non va?
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
c
Ambito
data-visualization, desktop-dev

Direzione di ricerca

Start in the Builder's Properties results view for a finished GROMACS minimisation, where pressure is shown as a full-height scalar panel, and in the Geometry Step Plots menu, which offers only Pressure and greys out the Y-axis. Done means that pressure is hidden for EM, potential energy and Fmax are selectable against step, step-click is active only when frames exist, and energies use significant figures with kJ/mol. Design choices are still open, so confirm them with maintainers (#180, #262, #241) before coding.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Found 2026-10-15 viewing a finished GROMACS minimisation (MINFF clay, 10236 atoms) in the Builder's Properties.

  • Pressure is shown for a minimisation as a single final value (2030.8600000000 Bar) in a full-height panel. Pressure during an energy minimisation has no physical meaning: there are no velocities, so no kinetic term. Drop it for EM. For MD, show pressure as a time series beside temperature and density, not as a scalar.
  • Geometry Step Plots offers only Pressure vs step, and the Y-axis menu is greyed out. For EM the useful series are potential energy and maximum force (Fmax) against step, the convergence quantities.
    • Clicking a point should show that step's structure only when frames exist. EM normally writes only the final structure, so without frames the plot should not look clickable.
    • Animation belongs to MD trajectories (#180), with the plot cursor following the frame.
  • Total energy is shown as -4514170.000000 kJoule/Mole: fixed decimals on a large value, and the unit is spelled kJoule/Mole. Use significant figures and kJ/mol.
  • A scalar property should not take a full-height panel.

For the GROMACS round (#262/#241). Related: #180.

Lingua principale
C
Stelle
10
Fork
8
Merge medio
21m
PR unite (30g)
1

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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