GROMACS results: what a minimisation shows (pressure, step plots, energy format)
Personne n'a encore pris cette issue.
Évaluation
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- Plutôt claire
- Activité
- Active
- Stack technique
- c
- Domaine
- data-visualization, desktop-dev
Piste de recherche
Start in the Builder's Properties results view for a finished GROMACS minimisation, where pressure is shown as a full-height scalar panel, and in the Geometry Step Plots menu, which offers only Pressure and greys out the Y-axis. Done means that pressure is hidden for EM, potential energy and Fmax are selectable against step, step-click is active only when frames exist, and energies use significant figures with kJ/mol. Design choices are still open, so confirm them with maintainers (#180, #262, #241) before coding.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
Found 2026-10-15 viewing a finished GROMACS minimisation (MINFF clay, 10236 atoms) in the Builder's Properties.
- Pressure is shown for a minimisation as a single final value (2030.8600000000 Bar) in a full-height panel. Pressure during an energy minimisation has no physical meaning: there are no velocities, so no kinetic term. Drop it for EM. For MD, show pressure as a time series beside temperature and density, not as a scalar.
- Geometry Step Plots offers only Pressure vs step, and the Y-axis menu is greyed out. For EM the useful series are potential energy and maximum force (Fmax) against step, the convergence quantities.
- Clicking a point should show that step's structure only when frames exist. EM normally writes only the final structure, so without frames the plot should not look clickable.
- Animation belongs to MD trajectories (#180), with the plot cursor following the frame.
- Total energy is shown as -4514170.000000 kJoule/Mole: fixed decimals on a large value, and the unit is spelled kJoule/Mole. Use significant figures and kJ/mol.
- A scalar property should not take a full-height panel.
For the GROMACS round (#262/#241). Related: #180.
- Langage dominant
- C
- Étoiles
- 10
- Forks
- 8
- Merge moyen
- 21 min
- PR mergées (30 j)
- 1
Préparer son environnement
Ce projet ne fournit ni conteneur de développement, ni Dockerfile, ni guide de contribution : l'installation est à votre charge. Commencez par son README, et consultez notre guide de la première contribution pour les étapes générales.
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Autres issues de FriendsofECCE/ECCE
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 70/100
FriendsofECCE/ECCE#336 · 1 commentaire ·
-
Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100
FriendsofECCE/ECCE#391 ·
-
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100
FriendsofECCE/ECCE#389 · 1 commentaire ·
-
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100
FriendsofECCE/ECCE#388 ·
-
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100
FriendsofECCE/ECCE#387 ·
Toutes les issues de FriendsofECCE/ECCE
Issues similaires
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 71/100
awslabs/aws-checksums#121 ·
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 86/100
Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours
-
Bad tag for language cardOuverte
Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 68/100
-
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100
-
bug low priority rt_lib wasm
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 77/100
Les mainteneurs répondent en général sous 1 jour