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DoparParam: Disable capturing of stdout?

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
distributed-systems

Direzione di ricerca

Inspect R/DoparParam-class.R at the cited implementation and compare it with the sink.sout handling in R/SerialParam-class.R and R/worker.R. Determine how DoparParam could expose the option, then verify with the shown bplapply example that stdout is not captured when disabled.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Is it possible to disable capturing of stdout? Specifically, is there an option/argument I can pass such that the following output does not appear:

> library(BiocParallel)
> y <- bplapply(1:2, print, BPPARAM = BiocParallel::DoparParam())
[1] 1
[1] 2

?

I'm aware of capture.output() etc, but I want to prevent it from being captured in the first place.

I understand that .bpworker_EXEC() takes argument sink.sout;

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/9e2db5de5f145509e494dd7668aefb2b82e6b21f/R/worker.R#L297-L298

but it looks like DoparParam does not allow me to pass that argument:

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/9e2db5de5f145509e494dd7668aefb2b82e6b21f/R/DoparParam-class.R#L99

In contrast, it looks like SerialParam supports it:

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/9e2db5de5f145509e494dd7668aefb2b82e6b21f/R/SerialParam-class.R#L150

If not supported right now, would you consider to add way to disable it?

Lingua principale
R
Stelle
69
Fork
32
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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