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DoparParam: Disable capturing of stdout?

Abierto
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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
45/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r

Línea de trabajo

Inspect R/DoparParam-class.R at the cited implementation and compare it with the sink.sout handling in R/SerialParam-class.R and R/worker.R. Determine how DoparParam could expose the option, then verify with the shown bplapply example that stdout is not captured when disabled.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Is it possible to disable capturing of stdout? Specifically, is there an option/argument I can pass such that the following output does not appear:

> library(BiocParallel)
> y <- bplapply(1:2, print, BPPARAM = BiocParallel::DoparParam())
[1] 1
[1] 2

?

I'm aware of capture.output() etc, but I want to prevent it from being captured in the first place.

I understand that .bpworker_EXEC() takes argument sink.sout;

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/9e2db5de5f145509e494dd7668aefb2b82e6b21f/R/worker.R#L297-L298

but it looks like DoparParam does not allow me to pass that argument:

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/9e2db5de5f145509e494dd7668aefb2b82e6b21f/R/DoparParam-class.R#L99

In contrast, it looks like SerialParam supports it:

https://github.com/Bioconductor/BiocParallel/blob/9e2db5de5f145509e494dd7668aefb2b82e6b21f/R/SerialParam-class.R#L150

If not supported right now, would you consider to add way to disable it?

Lenguaje dominante
R
Estrellas
69
Forks
32
Métricas de merge de PR
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

No hay ninguna guía de contribución indexada para este repositorio

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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