YuLab-SMU/clusterProfiler

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• Proper GSEA for multi-gene orthogroups/families

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#827 · Ouverte le 9/9/2026

• groupGO函数运行失败

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#815 · 1 commentaire · Ouverte le 3/4/2026

• Why does enrichKEGG() output include Category / Subcategory, but in my case gseKEGG() does not?

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#787 · 1 commentaire · Ouverte le 8/10/2025

• 4.16 bioconductor-clusterprofiler NOT available in https://anaconda.org/

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#784 · 1 commentaire · Ouverte le 27/8/2025

• Why doesn’t enrichKEGG() support the readable = TRUE parameter like enrichGO()?

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#782 · 2 commentaires · Ouverte le 22/7/2025

• enrichGO results not filtered by default pvalueCutoff

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#777 · 2 commentaires · Ouverte le 25/6/2025

• Color scales in the new version cannot be easily manipulated

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#773 · 1 commentaire · Ouverte le 16/5/2025

• cannot return enrichKEGG results with compareCluster

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#770 · 2 commentaires · Ouverte le 8/5/2025

• Cannot insert dotplot SVGs into Word or PowerPoint for macOS

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#769 · 4 commentaires · Ouverte le 5/5/2025

• Unable to specfify ont = "BP" with compareCluster

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#767 · 1 commentaire · Ouverte le 24/4/2025

• Differences in gseGO and compareCluster (clusterProfiler) results

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#763 · 2 commentaires · Ouverte le 26/3/2025

• i am receiving the following error with enrichkegg

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#759 · 7 commentaires · Ouverte le 20/2/2025

• Comparecluster analysis is not working for me with same data

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#754 · 7 commentaires · Ouverte le 20/1/2025

• Feature Request: Sign Test

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#750 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 8/1/2025

• Question about the result of GO:BP analysis: only one or two gene related to one GO term

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#749 · 1 commentaire · Ouverte le 26/12/2024

• feature request: LLM generated gene sets

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#745 · Ouverte le 27/11/2024

• Unable to Convert Pathway ID to Gene Set

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#743 · Ouverte le 21/11/2024

• Mitochondrial Genes and Annotations missing from EnrichGO

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#733 · 4 commentaires · Ouverte le 21/10/2024

• How to run enrichment analysis of metabolites using clusterProfier

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#731 · 5 commentaires · Ouverte le 15/10/2024

• how to compare different conditions

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#730 · Ouverte le 30/9/2024

• Error: unable to open database file Traceback:

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#727 · 1 commentaire · Ouverte le 27/9/2024

• clusterProfiler: BgRatio N value does not equal set gene universe size

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#723 · 1 commentaire · Ouverte le 13/9/2024

• using compareCluster to compare gene sets from different species

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  Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 25/100

  YuLab-SMU/clusterProfiler#722 · 1 commentaire · Ouverte le 13/9/2024

• problem with gseGO()

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#721 · 1 commentaire · Ouverte le 31/8/2024

• RStudio is crashing when running compareCluster

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#719 · 1 commentaire · Ouverte le 22/8/2024

• ridgePlot Axis Ticks Spacing is Sometimes Insufficient

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#716 · 1 commentaire · Ouverte le 19/8/2024

• KEGG analysis of metabolites

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#712 · 2 commentaires · Ouverte le 30/7/2024

• enrichKegg function, qvalueCutoff not working, getting as well non-significant results

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#710 · 4 commentaires · Ouverte le 22/7/2024

• gseKEGG function running indefinitely with a gene list of over 3000 genes

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#709 · 1 commentaire · Ouverte le 21/7/2024

• No gene can be mapped when using enrichKEGG

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#708 · 11 commentaires · Ouverte le 19/7/2024

• "I performed the gseGO function using clusterProfiler for all ontologies together, but I wasn't able to apply the simplify function to remove redundancy. I tried various options suggested online, but none worked. As a workaround, I ran gseGO for each ontology (BP, MF, CC) separately and then removed redundancy for each ontology using GOsim. Is it correct to combine the results from all ontologies into one file and then combining it with metadata from one ontology (e.g., the output of gseGO for BP) to create

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#707 · 13 commentaires · Ouverte le 16/7/2024

• "400 Bad Request" using enrichKEGG function from the clusterProfiler

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#706 · 2 commentaires · Ouverte le 15/7/2024

• compareCluster GSEA + universal annotation = does not work

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#705 · 1 commentaire · Ouverte le 11/7/2024

• The GeneRatio denominator does not correspond to the number of input genes.

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#703 · 1 commentaire · Ouverte le 10/7/2024

• gseGO Produces Results Table with Zero Rows

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#702 · 2 commentaires · Ouverte le 2/7/2024

• User Manual Has Minimal Discussion of Universe Choices

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#701 · Ouverte le 2/7/2024

• [FeatureRequest] color category and gene labels differently in `cnetplot`

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#700 · 1 réaction · Ouverte le 28/6/2024

• Retrieve the set of genes with assigned GO

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#698 · 1 commentaire · Ouverte le 17/6/2024

• A strange non-given GO comment appears

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#697 · 8 commentaires · Ouverte le 12/6/2024

• Upsetplot is cropped

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#696 · 4 commentaires · Ouverte le 5/6/2024

• gseKEGG using KEGG database error (cannot open URL 'https://rest.kegg.jp/conv/ncbi=geneid/mmu': HTTP status was '400 Bad Request')

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#694 · 1 commentaire · Ouverte le 17/5/2024

• Perform gseaplot2 using seurat DEG output.

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#693 · Ouverte le 9/5/2024

• How do I change the width of each coloum in the heatmap in the treeplot?

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#692 · Ouverte le 8/5/2024

• All p-values are equal to 1

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#690 · 1 commentaire · Ouverte le 22/4/2024

• enrichKEGG "No gene can be mapped"

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#689 · 2 commentaires · Ouverte le 19/4/2024

• OrgDb for maize

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#687 · 1 commentaire · Ouverte le 18/4/2024

• ont = "BP" in enricher () function

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#686 · 1 commentaire · Ouverte le 18/4/2024

• Error in testForValidKeytype(x, keytype) : Invalid keytype: GOALL. Please use the keytypes method to see a listing of valid arguments.

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#684 · 2 commentaires · Ouverte le 12/4/2024

• something wrong of setReadable

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#683 · 6 commentaires · Ouverte le 11/4/2024

• Count duplicate K Numbers (KEGG) for enrichKEGG?

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  YuLab-SMU/clusterProfiler#681 · Ouverte le 8/4/2024