nextflow-io

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

• Windows built for the PyPI package

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100

  nextflow-io/tree-sitter-nextflow#54 · Abierto el 13/11/2026

• Azure Batch: autoscale pool whose first resize fails scales to zero and never grows

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  nextflow-io/nextflow#8086 · Abierto el 12/11/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Could we get PyPI releases back?

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  nextflow-io/tree-sitter-nextflow#50 · Abierto el 9/11/2026

• URL validation stalls when nextflow is run in offline mode

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 56/100

  nextflow-io/nf-schema#244 · 1 comentario · Abierto el 9/11/2026

• Lineage: record the S3 object version ID for input files

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  nextflow-io/nextflow#8031 · 1 reacción · Abierto el 5/11/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• SummaryCreator#maybeMask fails with ambiguous overloading on null parameters since 2.7.3

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

  nextflow-io/nf-schema#240 · Abierto el 29/10/2026

• Add Fractional Accelerator Requirements

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  nextflow-io/nextflow#7947 · Abierto el 27/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Regression: nf-tower omits workflow completion PUT after workflow-level errors in Nextflow 26.04.4

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7937 · 1 reacción · Abierto el 26/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Plugin commands cannot apply `-profile`, and plugins built against 26.04 fail on 26.10

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  nextflow-io/nextflow#7900 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 23/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• splitFasta reads every file as gzip after the first .gz file

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

  nextflow-io/nextflow#7878 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Cached process weblog hits

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  nextflow-io/nf-weblog#17 · Abierto el 20/10/2026

• paramsSummaryLog: cannot cast String to Map

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nf-schema#239 · 10 comentarios · Abierto el 20/10/2026

• nf-k8s: Suggestion - treat a 409 AlreadyExists during job/pod creation as successful

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  nextflow-io/nextflow#7864 · 1 reacción · Abierto el 19/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Type checker: `null` element in a list literal reported as an inconsistent element type

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

  nextflow-io/nextflow#7854 · Abierto el 19/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Workflow emit of a `def` local variable fails with "Missing workflow output parameter"

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 54/100

  nextflow-io/nextflow#7844 · Abierto el 18/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Google batch "Read timed out" error when collecting output files, causes successful jobs to incorrectly count as a failure.

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7824 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [documentation] How to "module run" on multiple sample files ?

  Abierto

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  docs lang/modules

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nextflow#7817 · 2 comentarios · Abierto el 14/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nf-google: relax minimal version

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  executor/google-batch

  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 40/100

  nextflow-io/nextflow#7810 · 4 comentarios · 1 reacción · Abierto el 13/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• On abort, onFlowComplete and workflow.onComplete run before onError, and a strict-syntax onError: handler fails to run

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7784 · Abierto el 9/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• absolute path in rocrate

  Abierto

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  nextflow-io/nf-prov#61 · 1 comentario · Abierto el 8/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nextflow lint - add CLI flag to warn/fail on use of .view and .dump operators

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7765 · 4 comentarios · Abierto el 6/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Feature request: use `ParamSubstitution` in `default` field

  Abierto

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  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nf-schema#228 · 1 reacción · Abierto el 1/10/2026

• Officially allow merging of plugin blocks in configuration

  Abierto

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  lang/config plugins

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

  nextflow-io/nextflow#7724 · 3 comentarios · 6 reacciones · Abierto el 30/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Publishing a non-work-directory file with `>>` in a dynamic path closure throws NPE in PublishOp.getTaskDir

  Abierto

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

  nextflow-io/nextflow#7667 · 1 reacción · Abierto el 23/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Consistent hangs on "Waiting for file transfers to complete (1 files)" on CephFS/K8S

  Abierto

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  executor/k8s

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  nextflow-io/nextflow#7666 · 1 comentario · Abierto el 23/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• TaskHasher folds the evaluated task.ext.* value, putting task.cpus back in the task hash

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7663 · 2 comentarios · Abierto el 22/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nf-tower: interactive auth prompts hang or fail when stdin is not a terminal

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7642 · Abierto el 18/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nextflow 26.04.x+ incompatible with LSF 10.1.0, Stopping a head job fails to stop compute jobs.

  Abierto

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  executor/lsf triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

  nextflow-io/nextflow#7640 · 1 comentario · Abierto el 18/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Globstar output patterns may result in invalid move operations when `scratch = true` and `stageOutMode = move`

  Abierto

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  triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

  nextflow-io/nextflow#7637 · Abierto el 18/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Google Batch: Fusion scratch mount omitted for machines with built-in Local SSDs (-lssd)

  Quizá libre de nuevo Un pull request para esta issue se cerró sin fusionarse. Abierto

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  executor/google-batch storage/fusion

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

  nextflow-io/nextflow#7627 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Feature request: periodic progress logging during samplesheet validation

  Abierto

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  enhancement

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  nextflow-io/nf-schema#224 · 2 comentarios · Abierto el 15/9/2026

• Translation pipeline can write invalid/corrupted output when updating against an existing translation (duplicate frontmatter, leaked LLM preamble, broken YAML)

  Abierto

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 78/100

  nextflow-io/training#985 · Abierto el 13/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Basic architecture awareness when using singularity/apptainer - container image name

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  nextflow-io/nextflow#7617 · Abierto el 13/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Basic architecture awareness when using singularity/apptainer - pulling

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7616 · 1 comentario · Abierto el 13/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Hello Nextflow workflow image

  Quizá libre de nuevo @vdauwera la tomó hace 61 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  hello series

  nextflow-io/training#978 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 4/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• PBSPro executor spamming PBS server with requests

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  executor/pbs executor/pbspro

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

  nextflow-io/nextflow#7535 · 4 reacciones · Abierto el 24/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• AWS Batch: expose the job-termination rate limit as real config instead of reusing executor.submitRateLimit (and an internal pool name)

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7502 · 1 comentario · Abierto el 18/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add a rename method for records

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  nextflow-io/nextflow#7473 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 12/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• ci: automate registry and GitHub releases from one tag

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  nextflow-io/nf-trino#12 · Abierto el 8/8/2026

• fix: support or remove documented JDBC connection properties

  Abierto

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  nextflow-io/nf-trino#11 · Abierto el 8/8/2026

• docs: align testing guidance with actual test tiers

  Abierto

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  nextflow-io/nf-trino#10 · Abierto el 8/8/2026

• test: make runnable fixtures fail closed

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  nextflow-io/nf-trino#9 · Abierto el 8/8/2026

• fix: import the SQL extension from nf-trino

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  nextflow-io/nf-trino#8 · Abierto el 8/8/2026

• Publish the 0.7.1 Maven artifact for downstream plugins

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  nextflow-io/nf-sqldb#33 · Abierto el 7/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Legacy Groovy style typing is silently ignored

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  nextflow-io/nextflow#7438 · 4 comentarios · Abierto el 4/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Allow groupBy for records with a specific key

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  nextflow-io/nextflow#7422 · 7 comentarios · Abierto el 31/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Bad cancelation for cache db

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  nextflow-io/nextflow#7421 · 3 comentarios · Abierto el 31/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• -stub before another option (not directly before the pipeline arg) resolves wrong pipeline (nextflow-io/true)

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  nextflow-io/nextflow#7419 · 1 comentario · Abierto el 31/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Boolean parameter validation failure in nf-core/rnaseq 3.26.0 with Nextflow 26.04

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  nextflow-io/nextflow#7411 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 30/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Misleading error message when using shadowed process name in map

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  nextflow-io/nextflow#7397 · 1 comentario · Abierto el 28/7/2026

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