nextflow-io/nf-schema

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• URL validation stalls when nextflow is run in offline mode

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 56/100

  nextflow-io/nf-schema#244 · 1 comentario · Abierto el 9/11/2026

• SummaryCreator#maybeMask fails with ambiguous overloading on null parameters since 2.7.3

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

  nextflow-io/nf-schema#240 · Abierto el 29/10/2026

• paramsSummaryLog: cannot cast String to Map

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nf-schema#239 · 10 comentarios · Abierto el 20/10/2026

• Feature request: use `ParamSubstitution` in `default` field

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nf-schema#228 · 1 reacción · Abierto el 1/10/2026

• Feature request: periodic progress logging during samplesheet validation

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  nextflow-io/nf-schema#224 · 2 comentarios · Abierto el 15/9/2026

• Add `writeToSamplesheet` option using the json schema

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  nextflow-io/nf-schema#214 · 1 comentario · Abierto el 4/5/2026

• Feature: Publish methods as separate Maven package

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  nextflow-io/nf-schema#203 · 1 reacción · Abierto el 9/2/2026

• Clarify support for external $ref in nextflow_schema.json

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  nextflow-io/nf-schema#202 · 9 comentarios · Abierto el 8/2/2026

• Add `samplesheetToRecords` function

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  nextflow-io/nf-schema#196 · Abierto el 28/1/2026

• filter out containers from paramsSummaryLog

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  nextflow-io/nf-schema#194 · 1 comentario · Abierto el 27/1/2026

• Comment out samplesheet line

  Quizá libre de nuevo @nvnieuwk la tomó hace 310 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  nextflow-io/nf-schema#193 · 3 comentarios · 1 asignado · Abierto el 7/1/2026

• Expand numbers in scientific notation

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

  nextflow-io/nf-schema#190 · Abierto el 9/12/2025

• Schema integrity check is not performed

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  nextflow-io/nf-schema#187 · 5 comentarios · Abierto el 8/11/2025

• Feature request: `samplesheetToMaps` function

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  nextflow-io/nf-schema#186 · 5 comentarios · 1 reacción · Abierto el 6/11/2025

• Use `patternProperties` to match columns with a certain `prefix`

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

  nextflow-io/nf-schema#176 · Abierto el 10/9/2025

• Using --params-file command line option should raise an error but only a warning is raised

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  nextflow-io/nf-schema#171 · 2 comentarios · Abierto el 20/8/2025

• Top level `validate` function broken for `Path` type schema signature

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  nextflow-io/nf-schema#169 · Abierto el 15/8/2025

• Support `patternProperties` for data/samplesheet validation

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  nextflow-io/nf-schema#164 · 3 comentarios · Abierto el 23/7/2025

• (non default) option to only warn when validating URL

  Quizá libre de nuevo @nvnieuwk la tomó hace 457 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  nextflow-io/nf-schema#161 · 13 comentarios · 1 asignado · Abierto el 7/7/2025

• Only fully empty column should be sanitised in CSV/TSV

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  nextflow-io/nf-schema#160 · Abierto el 7/7/2025

• samplesheetToList converting string values to integer in scientific notation

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  nextflow-io/nf-schema#153 · 6 comentarios · Abierto el 1/7/2025

• Implement localization of descriptive fields

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  nextflow-io/nf-schema#152 · Abierto el 27/6/2025

• required boolean parameter fails validation when set to false

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  nextflow-io/nf-schema#143 · 3 comentarios · Abierto el 21/5/2025

• `formatEntry` is broken when using `defs` in a samplesheet schema.

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  nextflow-io/nf-schema#136 · 6 comentarios · Abierto el 6/5/2025

• Cryptic error message when input schema file is missing

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  nextflow-io/nf-schema#131 · 1 comentario · Abierto el 16/4/2025

• Add tests for cloud storage files

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  nextflow-io/nf-schema#128 · Abierto el 7/4/2025

• Allow unspecified columns in samplesheet

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  nextflow-io/nf-schema#126 · 1 comentario · Abierto el 24/3/2025

• Can we have a function to check spec version for the samplesheet?

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  nextflow-io/nf-schema#125 · 3 comentarios · Abierto el 24/3/2025

• No possibility to read a single sample in yaml format for now.

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  nextflow-io/nf-schema#124 · 2 comentarios · Abierto el 24/3/2025

• Warning message being created with nested parameters

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  nextflow-io/nf-schema#119 · 3 comentarios · Abierto el 13/3/2025

• Consider replacing `uniqueEntries` with the already standardised `uniqueKeys`

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  nextflow-io/nf-schema#107 · 4 comentarios · Abierto el 13/2/2025

• Parameter -resume doesn't work after --help execution

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  nextflow-io/nf-schema#96 · 9 comentarios · Abierto el 31/1/2025

• Improve docs with more 'applied' examples

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  nextflow-io/nf-schema#94 · 3 comentarios · Abierto el 22/1/2025

• improvement for error/warning message for wrong delimiter

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  nextflow-io/nf-schema#88 · Abierto el 16/1/2025

• Add a `listToSamplesheet` function

  Quizá libre de nuevo @nvnieuwk la tomó hace 666 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  nextflow-io/nf-schema#87 · 2 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 16/1/2025

• Idea: Validate parameters when the parameter has been changed

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

  nextflow-io/nf-schema#51 · 9 comentarios · 1 reacción · Abierto el 3/9/2024

• Add smarter typecasting to the samplesheet converter

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

  nextflow-io/nf-schema#50 · Abierto el 27/8/2024

• Make validateParameters function assigns (optionally) default values defined in the schema

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  nextflow-io/nf-schema#35 · 1 comentario · 4 reacciones · Abierto el 27/5/2024

• Feature request: param concatenation into array

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  nextflow-io/nf-schema#20 · 1 comentario · Abierto el 18/9/2023

• Class used in plugin can't be used in a `resume` run

  Quizá libre de nuevo Un pull request para esta issue se cerró sin fusionarse. Abierto

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  nextflow-io/nf-schema#23 · 18 comentarios · Abierto el 9/6/2023

• Support workbook format

  Posiblemente ocupada @edmundmiller la tomó hace 427 días. Abierto

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  nextflow-io/nf-schema#177 · 3 comentarios · 1 reacción · 1 asignado · Abierto el 12/9/2025

• Check schema against meta-schema

  Posiblemente ocupada @nvnieuwk la tomó hace 632 días. Abierto

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  nextflow-io/nf-schema#101 · 2 comentarios · Abierto el 3/2/2025