nextflow-io/nextflow

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

• Azure Batch: autoscale pool whose first resize fails scales to zero and never grows

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 49/100

  nextflow-io/nextflow#8086 · Abierto el 12/11/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Lineage: record the S3 object version ID for input files

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  storage/aws

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  nextflow-io/nextflow#8031 · 1 reacción · Abierto el 5/11/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add Fractional Accelerator Requirements

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  nextflow-io/nextflow#7947 · Abierto el 27/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Regression: nf-tower omits workflow completion PUT after workflow-level errors in Nextflow 26.04.4

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7937 · 1 reacción · Abierto el 26/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Plugin commands cannot apply `-profile`, and plugins built against 26.04 fail on 26.10

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  plugins

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  nextflow-io/nextflow#7900 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 23/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• splitFasta reads every file as gzip after the first .gz file

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

  nextflow-io/nextflow#7878 · Abierto el 21/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nf-k8s: Suggestion - treat a 409 AlreadyExists during job/pod creation as successful

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  nextflow-io/nextflow#7864 · 1 reacción · Abierto el 19/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Type checker: `null` element in a list literal reported as an inconsistent element type

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  bug triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

  nextflow-io/nextflow#7854 · Abierto el 19/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Workflow emit of a `def` local variable fails with "Missing workflow output parameter"

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 54/100

  nextflow-io/nextflow#7844 · Abierto el 18/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Google batch "Read timed out" error when collecting output files, causes successful jobs to incorrectly count as a failure.

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

  nextflow-io/nextflow#7824 · Abierto el 15/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• [documentation] How to "module run" on multiple sample files ?

  Abierto

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  docs lang/modules

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nextflow#7817 · 2 comentarios · Abierto el 14/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nf-google: relax minimal version

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  executor/google-batch

  Dificultad 3/5 Medio día Aptitud para principiantes 40/100

  nextflow-io/nextflow#7810 · 4 comentarios · 1 reacción · Abierto el 13/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• On abort, onFlowComplete and workflow.onComplete run before onError, and a strict-syntax onError: handler fails to run

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

  nextflow-io/nextflow#7784 · Abierto el 9/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nextflow lint - add CLI flag to warn/fail on use of .view and .dump operators

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  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

  nextflow-io/nextflow#7765 · 4 comentarios · Abierto el 6/10/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Officially allow merging of plugin blocks in configuration

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  lang/config plugins

  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

  nextflow-io/nextflow#7724 · 3 comentarios · 6 reacciones · Abierto el 30/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Publishing a non-work-directory file with `>>` in a dynamic path closure throws NPE in PublishOp.getTaskDir

  Abierto

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  triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

  nextflow-io/nextflow#7667 · 1 reacción · Abierto el 23/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Consistent hangs on "Waiting for file transfers to complete (1 files)" on CephFS/K8S

  Abierto

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  executor/k8s

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

  nextflow-io/nextflow#7666 · 1 comentario · Abierto el 23/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• TaskHasher folds the evaluated task.ext.* value, putting task.cpus back in the task hash

  Abierto

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 74/100

  nextflow-io/nextflow#7663 · 2 comentarios · Abierto el 22/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nf-tower: interactive auth prompts hang or fail when stdin is not a terminal

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

  nextflow-io/nextflow#7642 · Abierto el 18/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• nextflow 26.04.x+ incompatible with LSF 10.1.0, Stopping a head job fails to stop compute jobs.

  Abierto

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  executor/lsf triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 68/100

  nextflow-io/nextflow#7640 · 1 comentario · Abierto el 18/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Globstar output patterns may result in invalid move operations when `scratch = true` and `stageOutMode = move`

  Abierto

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  triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

  nextflow-io/nextflow#7637 · Abierto el 18/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Google Batch: Fusion scratch mount omitted for machines with built-in Local SSDs (-lssd)

  Quizá libre de nuevo Un pull request para esta issue se cerró sin fusionarse. Abierto

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  executor/google-batch storage/fusion

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

  nextflow-io/nextflow#7627 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Basic architecture awareness when using singularity/apptainer - container image name

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7617 · Abierto el 13/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Basic architecture awareness when using singularity/apptainer - pulling

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7616 · 1 comentario · Abierto el 13/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• PBSPro executor spamming PBS server with requests

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  executor/pbs executor/pbspro

  Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

  nextflow-io/nextflow#7535 · 4 reacciones · Abierto el 24/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• AWS Batch: expose the job-termination rate limit as real config instead of reusing executor.submitRateLimit (and an internal pool name)

  Abierto

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  executor/aws-batch

  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  nextflow-io/nextflow#7502 · 1 comentario · Abierto el 18/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add a rename method for records

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  nextflow-io/nextflow#7473 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 12/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Legacy Groovy style typing is silently ignored

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 52/100

  nextflow-io/nextflow#7438 · 4 comentarios · Abierto el 4/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Allow groupBy for records with a specific key

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  lang/dataflow

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nextflow#7422 · 7 comentarios · Abierto el 31/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Bad cancelation for cache db

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  nextflow-io/nextflow#7421 · 3 comentarios · Abierto el 31/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• -stub before another option (not directly before the pipeline arg) resolves wrong pipeline (nextflow-io/true)

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  triage/investigate

  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

  nextflow-io/nextflow#7419 · 1 comentario · Abierto el 31/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Boolean parameter validation failure in nf-core/rnaseq 3.26.0 with Nextflow 26.04

  Abierto

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  nextflow-io/nextflow#7411 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 30/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Misleading error message when using shadowed process name in map

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  nextflow-io/nextflow#7397 · 1 comentario · Abierto el 28/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Feature request: literal type

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  Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

  nextflow-io/nextflow#7392 · 2 comentarios · Abierto el 27/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Allow config scope aliases (e.g. objectStorage for aws)

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 68/100

  nextflow-io/nextflow#7387 · Abierto el 26/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Google Batch: Setting `accelerator` directive removes docker ENTRYPOINT instructions

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  nextflow-io/nextflow#7315 · 1 comentario · Abierto el 9/7/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Docker API Version

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  Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

  nextflow-io/nextflow#7253 · Abierto el 23/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Process recursion considers topic channels for cardinality of outputs

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  nextflow-io/nextflow#7222 · 1 comentario · Abierto el 11/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Support passing multiple values to a single input in nextflow module run

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  nextflow-io/nextflow#7212 · 1 comentario · Abierto el 9/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Should `notifyEvent` be dispatched asynchronously?

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  nextflow-io/nextflow#7189 · 1 reacción · Abierto el 29/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Allow opting out of foreign-file staging for paths on worker-accessible mounts

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  nextflow-io/nextflow#7186 · 3 comentarios · 7 reacciones · Abierto el 28/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Feature request: Structured changelog

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  nextflow-io/nextflow#7178 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 27/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Dependency Dashboard

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  nextflow-io/nextflow#7135 · Abierto el 13/5/2026

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• K8S API error resilience

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  Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

  nextflow-io/nextflow#7122 · 2 comentarios · Abierto el 8/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add Jitter to Task Polling Mechanism

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  nextflow-io/nextflow#7115 · Abierto el 7/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• `List` type parameters are incompatible with the CLI

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  nextflow-io/nextflow#7099 · 1 comentario · 1 reacción · Abierto el 5/5/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Print workflow output variables only when they contain results

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  nextflow-io/nextflow#7080 · 1 reacción · Abierto el 27/4/2026

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• `output {}` block ignores params.outdir set in nf-test and always creates `results/` in the test work directory

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  nextflow-io/nextflow#7069 · 1 comentario · Abierto el 24/4/2026

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• `nextflow lint`: add `-fail-on-warnings` flag

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  nextflow-io/nextflow#7038 · 1 reacción · Abierto el 16/4/2026

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• Centralize workflow output configuration using `nextflow.config`

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  nextflow-io/nextflow#7005 · 6 comentarios · Abierto el 6/4/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día