max-depth and high-depth options
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 55/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Activo
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- cli, documentation
Línea de trabajo
Start with the modkit pileup CLI entry point and the “Migrating to Modkit v0.6.0+ pileup” documentation section. Check the v0.6.4 behavior of --max-depth and --high-depth, including their interaction, then update the documentation so coverage limits and option precedence are explicit.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Could you please clarify how exactly:
--max-depth and --high-depth options now (v0.6.4) work in modkit pileup?
In the documentations for 0.6.4 in section Migrating to Modkit v0.6.0+ pileup states:
"--max-depth removed. Modkit v0.6.0 has a new algorithm that doesn’t use max-depth. If you have a modBAM with very high depth and you don’t want to tabulate counts for this depth it is currently recommended to subsample the modBAM before using Modkit."
Since v0.6.4 has "--max-depth", does the "new algorithm" apply only to v0.6.0?
"In Modkit versions v0.6.0 and v0.6.1 pileup will saturate depth at 65,535 (maximum for a unsigned 16-bit integer). If your modBAM has a depth greater than this value, it is recommended to use the --high-depth flag so that 65,535 reads will be used at each genomic position."
Does it mean that the coverage is hard-set to "65,535" if --high-depth is used? And which has precedence if --high-depth and --max-depth are used concurrently?
Thank you for clarification
Marek
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 276
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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