max-depth and high-depth options
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 55/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Attiva
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- cli, documentation
Direzione di ricerca
Start with the modkit pileup CLI entry point and the “Migrating to Modkit v0.6.0+ pileup” documentation section. Check the v0.6.4 behavior of --max-depth and --high-depth, including their interaction, then update the documentation so coverage limits and option precedence are explicit.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Could you please clarify how exactly:
--max-depth and --high-depth options now (v0.6.4) work in modkit pileup?
In the documentations for 0.6.4 in section Migrating to Modkit v0.6.0+ pileup states:
"--max-depth removed. Modkit v0.6.0 has a new algorithm that doesn’t use max-depth. If you have a modBAM with very high depth and you don’t want to tabulate counts for this depth it is currently recommended to subsample the modBAM before using Modkit."
Since v0.6.4 has "--max-depth", does the "new algorithm" apply only to v0.6.0?
"In Modkit versions v0.6.0 and v0.6.1 pileup will saturate depth at 65,535 (maximum for a unsigned 16-bit integer). If your modBAM has a depth greater than this value, it is recommended to use the --high-depth flag so that 65,535 reads will be used at each genomic position."
Does it mean that the coverage is hard-set to "65,535" if --high-depth is used? And which has precedence if --high-depth and --max-depth are used concurrently?
Thank you for clarification
Marek
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
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