max-depth and high-depth options
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 55/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 活発
- 技術スタック
- rust
- 領域
- cli, documentation
調査の方向性
Start with the modkit pileup CLI entry point and the “Migrating to Modkit v0.6.0+ pileup” documentation section. Check the v0.6.4 behavior of --max-depth and --high-depth, including their interaction, then update the documentation so coverage limits and option precedence are explicit.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Could you please clarify how exactly:
--max-depth and --high-depth options now (v0.6.4) work in modkit pileup?
In the documentations for 0.6.4 in section Migrating to Modkit v0.6.0+ pileup states:
"--max-depth removed. Modkit v0.6.0 has a new algorithm that doesn’t use max-depth. If you have a modBAM with very high depth and you don’t want to tabulate counts for this depth it is currently recommended to subsample the modBAM before using Modkit."
Since v0.6.4 has "--max-depth", does the "new algorithm" apply only to v0.6.0?
"In Modkit versions v0.6.0 and v0.6.1 pileup will saturate depth at 65,535 (maximum for a unsigned 16-bit integer). If your modBAM has a depth greater than this value, it is recommended to use the --high-depth flag so that 65,535 reads will be used at each genomic position."
Does it mean that the coverage is hard-set to "65,535" if --high-depth is used? And which has precedence if --high-depth and --max-depth are used concurrently?
Thank you for clarification
Marek
- 主要言語
- Rust
- スター
- 274
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトの環境構築ファイルはまだ確認していません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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