Question about DMR pair results
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- rust
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Start by reproducing the reported DMR pair command on the same input with --base A and --single-code "a", first without and then with --min-valid-coverage 10. Compare a_count, b_count, totals, percentages, and statistics at the listed modification site; done means the difference is explained or a reproducible defect is isolated.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Dear,
Thank you for your efforts in updating the version following the requested changes.
I ran DMR pair twice, with and without the --min-valid-coverage 10 option. For the same modification site, I obtained different a_count and b_count values, as well as different statistics. I ran the same command on the same file using --base A and --single-code "a".
I would be very grateful for your help.
Kind regards,
<style> </style>| #chrom | start | end | name | score | strand | a_counts | a_total | b_counts | b_total | a_mod_percentages | b_mod_percentages | a_pct_modified | b_pct_modified | map_pvalue | effect_size | balanced_map_pvalue | balanced_effect_size | pct_a_samples | pct_b_samples | replicate_map_pvalues | replicate_effect_sizes | cohen_h | cohen_h_low | cohen_h_high | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| without_min_coverage | 2L | 21012 | 21013 | . | 1.9818691992013413 | - | a:0 | 31 | a:3 | 28 | a:0.00 | a:10.71 | 0 | 0.10714286 | 0.4706322371851205 | -0.10714285714285714 | 1 | -0.037037037037037035 | 100 | 100 | 0.45672346927925245,1,1 | -0.2,0,0 | -0.66694634794494 | 0.155954191101083 | 1.1779385047887971 |
| with min_coverage_10 | 2L | 21012 | 21013 | . | 2.729244391195497 | - | a:0 | 24 | a:3 | 15 | a:0.00 | a:20.00 | 0 | 0.2 | 0.1263947920523823 | -0.2 | 0.1263947920523823 | -0.2 | 66 | 33 | - | - | -0.9272952254521929 | 0.2821921027589833 | 1.5723983481454025 |
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 276
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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