Question about DMR pair results
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start by reproducing the reported DMR pair command on the same input with --base A and --single-code "a", first without and then with --min-valid-coverage 10. Compare a_count, b_count, totals, percentages, and statistics at the listed modification site; done means the difference is explained or a reproducible defect is isolated.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Dear,
Thank you for your efforts in updating the version following the requested changes.
I ran DMR pair twice, with and without the --min-valid-coverage 10 option. For the same modification site, I obtained different a_count and b_count values, as well as different statistics. I ran the same command on the same file using --base A and --single-code "a".
I would be very grateful for your help.
Kind regards,
<style> </style>| #chrom | start | end | name | score | strand | a_counts | a_total | b_counts | b_total | a_mod_percentages | b_mod_percentages | a_pct_modified | b_pct_modified | map_pvalue | effect_size | balanced_map_pvalue | balanced_effect_size | pct_a_samples | pct_b_samples | replicate_map_pvalues | replicate_effect_sizes | cohen_h | cohen_h_low | cohen_h_high | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| without_min_coverage | 2L | 21012 | 21013 | . | 1.9818691992013413 | - | a:0 | 31 | a:3 | 28 | a:0.00 | a:10.71 | 0 | 0.10714286 | 0.4706322371851205 | -0.10714285714285714 | 1 | -0.037037037037037035 | 100 | 100 | 0.45672346927925245,1,1 | -0.2,0,0 | -0.66694634794494 | 0.155954191101083 | 1.1779385047887971 |
| with min_coverage_10 | 2L | 21012 | 21013 | . | 2.729244391195497 | - | a:0 | 24 | a:3 | 15 | a:0.00 | a:20.00 | 0 | 0.2 | 0.1263947920523823 | -0.2 | 0.1263947920523823 | -0.2 | 66 | 33 | - | - | -0.9272952254521929 | 0.2821921027589833 | 1.5723983481454025 |
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
nanoporetech/modkit のほかの issue
-
bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
nanoporetech/modkit#520 · コメント 2 件 ·
-
documentation
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 65/100
nanoporetech/modkit#336 · コメント 1 件 ·
-
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
nanoporetech/modkit#723 ·
-
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 66/100
nanoporetech/modkit#721 · コメント 1 件 ·
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 55/100
nanoporetech/modkit#719 ·
nanoporetech/modkit の issue をすべて見る
似ている issue
-
type/bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
stackabletech/kafka-operator#1033 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
bug good first issue needs testing
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 84/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 68/100
メンテナーはふだん 3 日以内に返信
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 90/100
farion1231/cc-switch#7744 · コメント 1 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
datafusion
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 76/100
apache/iceberg-rust#3297 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信