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Question about DMR pair results

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
rust
Ambito
bioinformatics, cli

Direzione di ricerca

Start by reproducing the reported DMR pair command on the same input with --base A and --single-code "a", first without and then with --min-valid-coverage 10. Compare a_count, b_count, totals, percentages, and statistics at the listed modification site; done means the difference is explained or a reproducible defect is isolated.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

question

Dear,

Thank you for your efforts in updating the version following the requested changes.

I ran DMR pair twice, with and without the --min-valid-coverage 10 option. For the same modification site, I obtained different a_count and b_count values, as well as different statistics. I ran the same command on the same file using --base A and --single-code "a".

I would be very grateful for your help.

Kind regards,

<style> </style>
  #chrom start end name score strand a_counts a_total b_counts b_total a_mod_percentages b_mod_percentages a_pct_modified b_pct_modified map_pvalue effect_size balanced_map_pvalue balanced_effect_size pct_a_samples pct_b_samples replicate_map_pvalues replicate_effect_sizes cohen_h cohen_h_low cohen_h_high
without_min_coverage 2L 21012 21013 . 1.9818691992013413 - a:0 31 a:3 28 a:0.00 a:10.71 0 0.10714286 0.4706322371851205 -0.10714285714285714 1 -0.037037037037037035 100 100 0.45672346927925245,1,1 -0.2,0,0 -0.66694634794494 0.155954191101083 1.1779385047887971
with min_coverage_10 2L 21012 21013 . 2.729244391195497 - a:0 24 a:3 15 a:0.00 a:20.00 0 0.2 0.1263947920523823 -0.2 0.1263947920523823 -0.2 66 33 - - -0.9272952254521929 0.2821921027589833 1.5723983481454025
Lingua principale
Rust
Stelle
276
Fork
33
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
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  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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