Issue with ModKit DMR Analysis (m6A)
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Error
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Área
- bioinformatics, cli
Línea de trabajo
Reproduce the failure with the compressed and indexed bedMethyl files using modkit dmr pair -m A --min-valid-coverage 10. Start by inspecting the reported BedMethylLine at chromosome 2L, position 69060, and compare its valid coverage with the canonical and modified counts. Done means identifying the cause of the invalid input and documenting how to resolve it.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hi,
I ran modkit pileup --modified-bases m6A to generate bedMethyl files.
I then compressed these files with bgzip and generated the corresponding .tbi index.
I used them in modkit dmr pair -m A --min-valid-coverage 10, but I encountered the following error:
**> batch failed: invalid data, valid coverage (191) is not equal to the sum of canonical and modified counts (190), [BedMethylLine { chrom: "2L", interval: Interval { start: 69060, stop: 69061, val: () }, raw_mod_code: Code('a'), strand: Positive, count_methylated: 0, valid_coverage: 191, count_canonical: 190, count_other: 1, count_delete: 4, count_fail: 15, count_diff: 0, count_nocall: 0 }] chrom: 2L starting at 69060, stopping
failed to send on channel, sending on a disconnected channel
encountered error whilst processing, stopping
Error! invalid-bedmethyl-data**
Could you please advise on what might be causing this issue and how to resolve it?
Thank you in advance for your help.
Best regards,
Amal
- Lenguaje dominante
- Rust
- Estrellas
- 276
- Forks
- 33
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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