Issue with ModKit DMR Analysis (m6A)
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 25/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 停滞
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Reproduce the failure with the compressed and indexed bedMethyl files using modkit dmr pair -m A --min-valid-coverage 10. Start by inspecting the reported BedMethylLine at chromosome 2L, position 69060, and compare its valid coverage with the canonical and modified counts. Done means identifying the cause of the invalid input and documenting how to resolve it.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi,
I ran modkit pileup --modified-bases m6A to generate bedMethyl files.
I then compressed these files with bgzip and generated the corresponding .tbi index.
I used them in modkit dmr pair -m A --min-valid-coverage 10, but I encountered the following error:
**> batch failed: invalid data, valid coverage (191) is not equal to the sum of canonical and modified counts (190), [BedMethylLine { chrom: "2L", interval: Interval { start: 69060, stop: 69061, val: () }, raw_mod_code: Code('a'), strand: Positive, count_methylated: 0, valid_coverage: 191, count_canonical: 190, count_other: 1, count_delete: 4, count_fail: 15, count_diff: 0, count_nocall: 0 }] chrom: 2L starting at 69060, stopping
failed to send on channel, sending on a disconnected channel
encountered error whilst processing, stopping
Error! invalid-bedmethyl-data**
Could you please advise on what might be causing this issue and how to resolve it?
Thank you in advance for your help.
Best regards,
Amal
- 主要言語
- Rust
- スター
- 276
- フォーク
- 33
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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