Issue with ModKit DMR Analysis (m6A)
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Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Reproduce the failure with the compressed and indexed bedMethyl files using modkit dmr pair -m A --min-valid-coverage 10. Start by inspecting the reported BedMethylLine at chromosome 2L, position 69060, and compare its valid coverage with the canonical and modified counts. Done means identifying the cause of the invalid input and documenting how to resolve it.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
I ran modkit pileup --modified-bases m6A to generate bedMethyl files.
I then compressed these files with bgzip and generated the corresponding .tbi index.
I used them in modkit dmr pair -m A --min-valid-coverage 10, but I encountered the following error:
**> batch failed: invalid data, valid coverage (191) is not equal to the sum of canonical and modified counts (190), [BedMethylLine { chrom: "2L", interval: Interval { start: 69060, stop: 69061, val: () }, raw_mod_code: Code('a'), strand: Positive, count_methylated: 0, valid_coverage: 191, count_canonical: 190, count_other: 1, count_delete: 4, count_fail: 15, count_diff: 0, count_nocall: 0 }] chrom: 2L starting at 69060, stopping
failed to send on channel, sending on a disconnected channel
encountered error whilst processing, stopping
Error! invalid-bedmethyl-data**
Could you please advise on what might be causing this issue and how to resolve it?
Thank you in advance for your help.
Best regards,
Amal
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 274
- Fork
- 33
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Non abbiamo ancora controllato i file di configurazione di questo progetto. Parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
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