Topic suggestion - calculating diversity metrics with scikit-bio
Nadie ha tomado este issue todavía.
Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- 1-2 días
- Aptitud para principiantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Necesita aclaración
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- jupyter-notebook, python
Línea de trabajo
Revisa la estructura existente de la lección de ecología en Python y la documentación de scikit-bio antes de proponer el alcance del notebook. Define qué cálculos de diversidad alfa y beta y qué visualización de PCoA debe demostrar el ejemplo, y confirma después que el notebook se ejecuta de principio a fin con datos de comunidades representativos.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Howdy,
I think it would be a useful skill for ecologist using python to get hands on experience with the scikit-bio bioinformatics package. I use it often to calculate alpha and beta diversity and to create PCoA plots for visualizing community data.
I'd be happy to help with a Jupyter notebook example.
Bo
- Lenguaje dominante
- Jupyter Notebook
- Estrellas
- 176
- Forks
- 317
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Sin plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de datacarpentry/python-ecology-lesson
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100
-
Reducing "read in" jargonAbierto
Dificultad 1/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
-
Error in solution to "Challenge - Plots"Posiblemente ocupada @archaeolauren la tomó hace 193 días. Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
-
Recommend a supported Python release, not just any 3.xPosiblemente ocupada @nbdani la tomó hace 196 días. Abierto
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 75/100
-
Lowercase "p" in "pandas"Abierto
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 65/100
Todos los issues de datacarpentry/python-ecology-lesson
Issues similares
-
Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 83/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
bug
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
Los mantenedores suelen responder en 1 día
-
convert: no range check between Phred encodings, so a wrong --from writes a broken FASTQ (exit 0)Abierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 82/100
shenwei356/seqkit#612 · 1 comentario ·
-
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100
bioconda/bioconda-recipes#70401 · 1 comentario ·
Los mantenedores suelen responder en 2 días
-
good first issue
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 75/100
LCrossman/microBioRust#57 ·