biopython/biopython

Official git repository for Biopython (originally converted from CVS)

Estrellas: 5.2k
Forks: 2k
Issues abiertos para principiantes: 5
Issues indexados: 468
Merge medio: 2 d 20 h
PR fusionados (30 d): 8

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Sin datos de licencia
Último push a GitHub: 16/9/2026
Última indexación: 14/9/2026
Guía de contribución: Guía de contribución
Código de conducta: Código de conducta
Etiquetas para principiantes: help wanted good first issue

Para principiantes Todo

Abierto Todos

EMBL writer warns on valid INSDC mol_type values, accepts invalid ones Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 85/100

biopython/biopython#5319 · 3 comentarios · Abierto el 18/9/2026
`IsoelectricPoint.pi()` returns a pH where the net charge is far from zero Abierto

biopython/biopython#5312 · 1 asignado · Abierto el 10/9/2026
QCPSuperimposer returns a wrong rotation when the reference point set is collinear Abierto

biopython/biopython#5309 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 10/9/2026
Add ambiguous=... argument to GC() and GC123() for consistency with gc_fraction() Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

biopython/biopython#5307 · 2 comentarios · Abierto el 7/9/2026
`CodonAdaptationIndex.calculate()` raises `ZeroDivisionError` for a valid CDS of only ATG/TGG codons Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 84/100

biopython/biopython#5306 · 6 comentarios · Abierto el 7/9/2026
'importing Biopython from inside the source tree' false positives Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

biopython/biopython#5294 · 3 comentarios · Abierto el 26/8/2026
Bio.Seq.Seq ordering operators raise opaque TypeError instead of NotImplemented Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 76/100

biopython/biopython#5292 · 4 comentarios · Abierto el 22/8/2026
Incorrect reference handling in _arraycore initialization failure paths Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 58/100

biopython/biopython#5271 · 1 comentario · Abierto el 3/8/2026
run_cealign segfaults on a zero fragment size, short coordinate entries, or tuples Abierto

biopython/biopython#5269 · 1 asignado · Abierto el 30/7/2026
Proposition to add Radius of Gyration calculating function to Biopython Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

biopython/biopython#5257 · Abierto el 7/7/2026
Endian issue with binary CIF on ppc64 and sparc64 arch Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 64/100

biopython/biopython#5235 · 8 comentarios · Abierto el 10/6/2026
TLEN calculation when writing sam file Abierto

Enhancement

biopython/biopython#5232 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 3/6/2026
PERF: SequentialSeqFileRandomAccess FASTA indexer does per-line regex on sequence lines Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#5197 · Abierto el 17/4/2026
Clarification on `chain.id` mapping in `MMCIFParser`: `asym_id` vs `auth_asym_id` Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#5195 · 4 comentarios · Abierto el 15/4/2026
GenBank parsing - handle misplaced `BASE COUNT` line Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#5172 · 2 comentarios · Abierto el 3/3/2026
C++ acceleration for mmCIF parsing (native "fast path" for coordinates) Abierto

biopython/biopython#5156 · 9 comentarios · 1 asignado · Abierto el 27/1/2026
Missing libm linkage causes undefined symbol errors Abierto

biopython/biopython#5137 · 6 comentarios · 1 asignado · Abierto el 9/1/2026
MMCif2Dict doesn't parse all keys in extremely large structures Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

biopython/biopython#5136 · 6 comentarios · Abierto el 8/1/2026
PDBParser is not thread-safe when used in ThreadPoolExecutor Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

biopython/biopython#5131 · 4 comentarios · Abierto el 5/1/2026
Why does read_PIC_seq give different distances and angles for each residue? Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#5119 · 3 comentarios · Abierto el 8/12/2025
Proposal: Optional ProteinSeq class for protein sequences Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#5115 · 1 comentario · Abierto el 30/11/2025
IC_residue's get_angle function gives different results for psi and "N:CA:C:1N" Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#5113 · 6 comentarios · Abierto el 28/11/2025
GenBank multi-line qualifier value parsed incorrectly in specific cases Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 38/100

biopython/biopython#5101 · 6 comentarios · Abierto el 14/11/2025
Proposal: Integrate advanced peptide descriptors into Bio.SeqUtils Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#5100 · 3 comentarios · Abierto el 7/11/2025
FoldX PositionScan: "Specified residue not found" Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

biopython/biopython#5096 · 1 comentario · Abierto el 29/10/2025
Combining PWAs and MSAs Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

biopython/biopython#5075 · 3 comentarios · Abierto el 3/10/2025
[Bio.Blast.qblast] The username and password parameters seem useless Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#5059 · 3 comentarios · Abierto el 8/9/2025
Proposal to Add `aligned_tuples_to_MSA()` Class Method Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

biopython/biopython#5052 · 1 reacción · Abierto el 1/9/2025
Bio.Align.PairwiseAligner missing format_alignment in Bio.pairwise2 Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 62/100

biopython/biopython#5035 · 11 comentarios · Abierto el 25/7/2025
UnboundLocalError: local variable 'consensus_letter' referenced before assignment Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 62/100

biopython/biopython#5000 · 5 comentarios · Abierto el 22/5/2025
Bio.codonalign.codonseq.cal_dn_ds Issue Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#4999 · 2 comentarios · Abierto el 21/5/2025
sub_features are not being updated parsing a GFF Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

biopython/biopython#4995 · 3 comentarios · Abierto el 11/5/2025
Origin-spanning features not being included when using SeqFeature.extract() Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

biopython/biopython#4989 · 2 comentarios · Abierto el 23/4/2025
motifs degenerate_consensus functionality / bug Abierto

biopython/biopython#4988 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 23/4/2025
Is there a reason cealign doesn't return best_alignment? Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

biopython/biopython#4987 · 2 comentarios · Abierto el 21/4/2025
Blast.parse XML2 file AssertionErr Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

biopython/biopython#4978 · 2 comentarios · Abierto el 22/3/2025
SEQIO parsing failure on Genbank Feature/variation for inserts; but setting sequence length to zero escapes this with a warning Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

biopython/biopython#4969 · 9 comentarios · Abierto el 11/3/2025
Incorrect version number in CEL version 4 file Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#4944 · 3 comentarios · Abierto el 23/2/2025
NCBI Sequin tbl format parser Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#4943 · 5 comentarios · Abierto el 22/2/2025
Unable to read .hid file using AbiIO Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

biopython/biopython#4932 · 8 comentarios · Abierto el 9/2/2025
Biopython 1.85 FastaIO calling next on file descriptor Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 58/100

biopython/biopython#4926 · 5 comentarios · Abierto el 3/2/2025
Megablast scoring scheme seems to be not compatible with global mode Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

biopython/biopython#4925 · 8 comentarios · Abierto el 1/2/2025
Bug in Bio.SeqIO for "cif-seqres" format Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

biopython/biopython#4922 · 5 comentarios · Abierto el 29/1/2025
Test failures of test_orchid_est, test_pcr_primers, test_retrieve_pdb_file_mmtf, test_search_with_fields Abierto

biopython/biopython#4920 · 9 comentarios · 1 asignado · Abierto el 26/1/2025
Is PDBList still working Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#4895 · 3 comentarios · Abierto el 10/12/2024
CEAligner hangs forever for PDB codes 3U1I and 4R4M Abierto

biopython/biopython#4888 · 7 comentarios · 1 asignado · Abierto el 19/11/2024
Cannot read Genbank files with Molecule Type 'NA' Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 42/100

biopython/biopython#4879 · 5 comentarios · Abierto el 5/11/2024
Genbank 'Strandedness / Molecule Type' info exported into incorrect position Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 48/100

biopython/biopython#4878 · 4 comentarios · Abierto el 5/11/2024
Potential `NCBIWWW` upgrades Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

biopython/biopython#4870 · 4 comentarios · Abierto el 20/10/2024
Native BAM parsing [feature] Abierto

Enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

biopython/biopython#4868 · 4 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 10/10/2024

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