Topic suggestion - calculating diversity metrics with scikit-bio
还没有人认领这个 Issue。
评估
- 难度
- 3/5
- 预计耗时
- 1-2 天
- 新手友好度
- 25/100
- Issue 类型
- 功能
- 描述清晰度
- 需要澄清
- 活跃度
- 停滞
- 技术栈
- jupyter-notebook, python
调研方向
在提出 notebook 的范围之前，审查现有的 Python 生态学课程结构和 scikit-bio 文档。明确示例应演示哪些 alpha 和 beta 多样性计算以及哪种 PCoA 可视化，然后确认 notebook 使用具有代表性的群落数据从头到尾运行。
由索引模型根据 Issue 内容生成。
描述
Howdy,
I think it would be a useful skill for ecologist using python to get hands on experience with the scikit-bio bioinformatics package. I use it often to calculate alpha and beta diversity and to create PCoA plots for visualizing community data.
I'd be happy to help with a Jupyter notebook example.
Bo
- 主要语言
- Jupyter Notebook
- 星标
- 176
- 派生
- 317
- PR 合并指标
- 30 天内没有已合并 PR
环境准备
- 没有 Dockerfile 或 Docker Compose 文件
- 没有 Pull Request 模板
- 阅读贡献指南
从这里开始
- 先读完整个 Issue，再读项目的贡献指南。
- 在 Issue 下留言说明你要接手 —— 这能避免两个人做同样的事。
- Fork 仓库，在一个分支上完成修改。
- 提交 Pull Request，并在描述里引用这个 Issue 编号。
datacarpentry/python-ecology-lesson 的其他 Issue
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 76/100
-
难度 1/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
-
Error in solution to "Challenge - Plots"可能已有人在做 @archaeolauren 于 196 天前认领。 未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 75/100
-
Recommend a supported Python release, not just any 3.x可能已有人在做 @nbdani 于 198 天前认领。 未关闭
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 75/100
-
难度 1/5 1 小时以内 新手友好度 65/100
查看 datacarpentry/python-ecology-lesson 的全部 Issue
相似的 Issue
-
New term request
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 78/100
monarch-initiative/mondo#10796 ·
维护者通常 2 天内回复
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 85/100
-
update module
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 68/100
维护者通常 1 天内回复
-
convert: no range check between Phred encodings, so a wrong --from writes a broken FASTQ (exit 0)未关闭
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 82/100
shenwei356/seqkit#612 · 1 条评论 ·
-
难度 2/5 1-3 小时 新手友好度 72/100
bioconda/bioconda-recipes#70400 ·
维护者通常 1 天内回复