Builder: metal–π bonds cannot be made to ring carbons (Metal order still needs nubs)
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 40/100
Línea de trabajo
Start in Fragment::bondAtoms and BondEditCmd, where Builder bonds currently go between two nubs, then check how addBond is reached in Bond mode with the Metal order. The change lets a Metal bond join two picked atoms directly without consuming nubs or hydrogens, while the align prompt for two molecules keeps working. Done when Fe(PPh3)3 plus benzene gets six Metal bonds to ring carbons with no change in atom count, and ferrocene can be built from two Cp⁻ rings. The typo fix ("unambigously") is part of the same change.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Seen: ECCE 9.1.0. A tetrahedral Fe with three PPh3, then a benzene from the Structure Library. Inserting benzene: "Cannot unambigously connect fragments. Please select the sites that should be bonded." Bond mode with the Metal (metal–π) order, Fe to a ring carbon: "No bond sites are available to create this bond."
Cause: every bond the Builder makes goes between two nubs (Fragment::bondAtoms, BondEditCmd), including the Metal order (0.5). Ring carbons of benzene, Cp⁻ or an alkene have no nub (all valences used), so a metal–π bond to them cannot be made. Elsewhere the Builder already treats Metal bonds as not counting toward valence (shape and hydrogen placement ignore them), so requiring nubs here is inconsistent.
Fix: a Metal bond neither needs nor consumes nubs: in Bond mode with the Metal order, the two picked atoms are bonded directly (addBond), and nubs and hydrogens of both atoms stay as they are. With two molecules, the align question keeps working as now. Test: Fe(PPh3)3 + benzene, six Metal bonds to the ring carbons, no change in atom count; ferrocene from two Cp⁻.
Also: "unambigously" in the first message → "unambiguously".
- Lenguaje dominante
- C
- Estrellas
- 10
- Forks
- 8
- Merge medio
- 21 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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